怎么找生物信息论文的数据，PubMed太有用了！

最新推荐文章于 2023-08-14 15:06:55 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 经验分享 NCBI PubMed 找数据 生物信息学
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小白的创作灵感日志： 由于要跑通一篇Paper A的代码，我需要找到它用到的所有数据集，今天我要找的是 Nagano 细胞周期数据集，刚开始脑子一团浆糊，直接在谷歌上搜“Nagano”，出来的全都是日本的一个名叫Nagano的城市，直接在NCBI里搜索“Nagano”也是一团乱麻，于是我打开手机玩了一把王者荣耀，淡定了一会，重新打开电脑，思路开始变得无比清晰: 首先，在 Paper A 里找到 Nagano 的引用 Paper B；然后，在PubMed搜索 Paper B；找到原文后，不需要细看，一般数据类论文里都有 Associated Data 之类的数据链接，点了直接下载，但是好巧不巧，我这篇没有，于是我返回到这篇论文的PubMed简介页面里，往下翻，有一个 Related Information 版块，答案就在这里面！

PubMed 论文简介页

–> Related Information

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

首选当然是 GEO DataSets

就出现了这篇Paper对应的 GEO DataSet，完美！

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

点击Related Project，NCBI还为您介绍了这个项目的全貌

我觉得这个联动真的很贴心，在Accession里也能找到GSE id~

在这里插入图片描述

给生信入门初学者的小贴士
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做教程的一定比学教程的人知识储备多，无论各类自媒体的教程做的有多棒，也只能授汝以鱼，若想真正的获得"渔技"，还是得去Github或者软件帮助信息中提供的官方vignette中学习完整的workflow。”，说的通俗些叫“磨刀不误砍柴工”，很多同学不听我的建议，仍然略过编程基础直接学习生信，结果是遇到俄罗斯套娃式的一系列报错无从下手，又都返回来找我答疑。我不是大神，但我乐于分享，自我充实的同时也在B站和公众号做了很多的教程，目前B站的同名公众号总播放量已经超过十万，除了已有的单细胞系列教程外、
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怎么寻找数据集
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