怎么找生物信息论文的数据，PubMed太有用了！

最新推荐文章于 2024-05-21 15:05:46 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 经验分享 NCBI PubMed 找数据 生物信息学
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小白的创作灵感日志： 由于要跑通一篇Paper A的代码，我需要找到它用到的所有数据集，今天我要找的是 Nagano 细胞周期数据集，刚开始脑子一团浆糊，直接在谷歌上搜“Nagano”，出来的全都是日本的一个名叫Nagano的城市，直接在NCBI里搜索“Nagano”也是一团乱麻，于是我打开手机玩了一把王者荣耀，淡定了一会，重新打开电脑，思路开始变得无比清晰: 首先，在 Paper A 里找到 Nagano 的引用 Paper B；然后，在PubMed搜索 Paper B；找到原文后，不需要细看，一般数据类论文里都有 Associated Data 之类的数据链接，点了直接下载，但是好巧不巧，我这篇没有，于是我返回到这篇论文的PubMed简介页面里，往下翻，有一个 Related Information 版块，答案就在这里面！

PubMed 论文简介页

–> Related Information

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

首选当然是 GEO DataSets

就出现了这篇Paper对应的 GEO DataSet，完美！

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

点击Related Project，NCBI还为您介绍了这个项目的全貌

我觉得这个联动真的很贴心，在Accession里也能找到GSE id~

在这里插入图片描述

Crayon小鱼干
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Citespace可以使用Pubmed数据进行科学文献分析。要使用Pubmed数据进行分析，首先需要在Web of Science上下载所需的文献数据。打开Web of Science，根据需要进行文献的数据下载，点击保存为其他文件格式，然后按照指示选择每次最多导出500条记录。导出数据后，需要在电脑中新建一个文件夹，用来存放分析的文献数据。在这个文件夹中，需要新建一个data文件夹和一个project文件夹。将导出的文献数据放入data文件夹中，纯文本类型的文献数据需要以"download*.txt"命名。project文件夹用于存放数据处理后产生的一些文件。接下来，可以使用Citespace进行科学文献分析，使用Pubmed数据进行可视化分析和探索研究领域的科研动态。\[1\] #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [Citespace的英文文献数据导入](https://blog.csdn.net/qq_44543774/article/details/122214228)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* [citespace基础使用](https://blog.csdn.net/m0_69379600/article/details/128506404)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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