3 计算F值

#去除弱工具变量（F检验值）-----
Ffilter=10        #F值过滤条件
inputFile="exp_LD.csv"      #输入文件
setwd("*********")      #设置工作目录

#读取输入文件
dat<-read.csv(inputFile, header=T, sep=",", check.names=F)

#计算F检验值
N=dat[1,"samplesize.exposure"]     #获取样品的数目
dat=transform(dat,R2=2*((beta.exposure)^2)*eaf.exposure*(1-eaf.exposure))     #计算R2
dat=transform(dat,F=(N-2)*R2/(1-R2))      #计算F检验值

#根据F值>10进行过滤, 删除弱工具变量
outTab=dat[dat$F>Ffilter,]
write.csv(dat, "exp_F.csv", row.names=F)