TwoSampleMR

onlooker_zsq

已于 2023-08-23 14:25:14 修改

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文章标签： r语言

于 2023-03-25 18:19:39 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/onlookerq/article/details/129770370

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该文介绍了如何在R环境中运用ieugwasr包进行局部LD操作，特别是ld_clump函数的用法，以及如何计算F统计量。首先，通过ld_clump函数对代谢物数据进行聚类，然后利用TwoSampleMR包估计R平方，并进一步计算F值，用于孟德尔随机化的分析。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1.本地ld_clumping#详细地址：Running local LD operations • ieugwasr

library(ieugwasr)
?ld_clump
MBG_exp_dat_clumping=ld_clump(
dplyr::tibble(rsid=metabolites$SNP, pval=metabolites$pval.exposure, id=$id),
plink_bin = 'C:/Users/DELL/Documents/R/win-library/4.1/plinkbinr/bin/plink_Windows.exe',
bfile = ".//EUR//EUR",#链接：http://fileserve.mrcieu.ac.uk/ld/1kg.v3.tgz
clump_kb = 1000,
clump_r2 = 0.001
)

2. F统计量计算

2.1.利用TwoSampleMR包计算R值.#Estimate Rsq from beta, standard error and sample size — get_r_from_bsen • TwoSampleMR

metabolites_clumping = mutate(MBG_exp_dat_clumping,R=get_r_from_bsen(MBG_exp_dat_clumping$beta.exposure, MBG_exp_dat_clumping$se.exposure, MBG_exp_dat_clumping$samplesize.exposure))

2.2. F统计量计算：孟德尔随机化F值计算 - 知乎

F = (N-k-1)/k * R2/(1-R*R)

metabolites_clumping = mutate(metabolites_clumping,F=(samplesize.exposure-2)*((R*R)/(1-R*R)))