setwd("D:/Software/R/projects/MR")
library(TwoSampleMR)
exposure <- extract_instruments(outcomes='ieu-b-40',
p1 = 5e-08,
clump = TRUE,
p2 = 5e-08,
r2 = 0.001,
kb = 10000)
outcome <- extract_outcome_data(snps=exposure$SNP,
outcomes="ieu-b-2",
proxies = TRUE,
maf_threshold = 0.01,#最小等位基因频率
access_token = NULL)#是否通过谷歌访问,国内选NULL
#之后进行harmonise_data()等等,同本地
孟德尔随机化代码 数据提取-在线
于 2023-09-13 18:32:19 首次发布
本文介绍了如何在R环境下,利用TwoSampleMR包进行关联研究,包括设置工作目录,提取仪器变量(exposure),获取特定结局数据(outcome),以及后续的数据整合(harmonise_data)。
摘要由CSDN通过智能技术生成