问一下大家，我想用blastp找到一个11氨基酸小肽的同源序列，我手里有一些物种(人、鸡、鼠…)的蛋白序列。我把这些物种的蛋白序列合并为了一个fasta文件。
我想筛选出bit-score>20的肽段，于是通过
E
=
q
u
e
r
y
_
s
e
q
u
e
n
c
e
_
l
e
n
g
t
h
∗
t
o
t
a
l
_
d
a
t
a
b
a
s
e
_
l
e
n
g
t
h
/
2
b
i
t
−
s
c
o
r
e
E=query\_sequence\_length*total\_database\_length/2^{bit-score}
E=query_sequence_length∗total_database_length/2bit−score算出了bit-score为20时对应的e_value。
我先对merge.fa进行了搜索，使用了下面的命令：
blastp -db merge.fa -query test.fa -out test.merge.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 5283 -word_size 2 -matrix PAM30
又对chicken.fa进行了搜索，使用了下面的命令：
blastp -db chicken.fa -query test.fa -out test.chicken.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 44 -word_size 2 -matrix PAM30
但出现了两个问题。
-
首先，bit-score的阈值并不是期望的"20"，而是"18"。
chicken 比对结果，箭头示bit-score阈值为18.0
merge 比对结果，箭头示bit-score阈值为18.0
-
其次，我将对chicken的搜索结果与merge的搜索结果进行了比对，发现chicken的搜索结果很多都消失了。
merge中包含chicken的结果
chicken的搜索结果，方框示merge中出现的4个序列，箭头示未出现的多条序列
那些中间的蛋白序列哪去了？？
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