首先fine_circ是在py27运行,需要numpy和pysam这两个库,pysam不支持windows系统,所以建议在linux下运行。使用到软件VMWare,pycharm。
1 pysam安装
首先先尝试pip install pysam或者conda 指令,如果失败,在加上镜像文件试一次,如果还失败,请使用wheel文件安装。
2 bowtie2和Samtools安装
参考以下链接:
科学网—Bowtie2和Samtools软件更新 - 卢锐的博文
3 Circ_find的使用
(1)bowtie2生成基因组索引
首先使用bowtie2生成.bam排序文件,其他的比对程序也可以,能产生bam文件的都可以
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