提取基因组序列

最新推荐文章于 2024-05-25 20:30:10 发布
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文章标签： bedTools Fasta 基因组 DNA序列 提取
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bedtools getfasta -fi Hordeum_vulgare.IBSC_v2.dna.toplevel.fa -bed HV-副本.bed > HV_DNA.fa
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linux提取基因名称和序列,一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法与流程...
weixin_39631094的博客
05-14 2940
技术特征：1.一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法，其特征在于，将某一物种的转录本id或者基因id，依据供试基因组cds文件、蛋白质文件、gff文件和染色体fasta文件信息，通过6个perl脚本程序，实现目标转录本或基因在基因组上的位置、长度、正反义链结构信息的提取，并在染色体fasta文件上提取该转录本或基因的cds或基因序列，在基因组蛋白文件上提取该转录本的蛋白质序列；最后对所...
linux下依据id提取基因组,科学网—【生信技能】如何根据gene ID批量从参考基因组中提取序列 - 陈振夏的博文...
weixin_34586802的博客
05-15 2034
作者：钱胜原载于本实验室微信公众号EvoDevo好好玩(http://mp.weixin.qq.com/s/pGZdmSkwt9Rb9NeCEg-C3Q )先给大家安利一个网站，生信技能树，里面有几千个帖子，有问题的时候不妨在里面搜索，或许就有你想要解决的问题。技能树里面有一个类似的问题：在里面所搜根据ID提取序列，出来的结果是这样的这个问题很经典，被当做一个主题，里面有很多用shell，Pyth...
seqExtract:通过给出基因名称从参考基因组中提取序列
06-10
序列提取 通过给出基因名称从参考基因组中提取序列 rescue.py 和 seq_extract_rescue.py 一起从宇宙文件中拯救缺失的基因。 seq_extract.py 只需要文件名作为输入。 ##seq_extract_rescue.py ####先决条件文件： GTF文件（基因转换格式） 人类参考基因 宇宙基因列表或基因名称列表 ####先决条件系统： pybedtools 皮萨姆 Python 2.7 ＃＃＃＃用法： usage: seq_extract_rescue.py [-h] -g file -t gtf_file -r ref_genome [-o STR] [-p STR] [-b INT] [-f] [-c] Extract target genes and generate bloo
利用seqtk从基因组文件里面提取部分序列
qq_64400864的博客
05-25 2953
一、根据序列名提取固定序列使用 seqtk subseq 命令从基因组文件里面提取部分序列比如从下面文件里提取chrA01，chrA04，chrA05染色体的序列可以使用下面命令 在这个命令里，name.list文件是自己整理的解释命令：1) seqtk subseq: 使用Seqtk工具的子命令，用于提取序列。2) test.fa: 输入的FASTA格式文件，文件名为test.fa。3) name.list: 染色体名称文件，用于指定要提取的序列。4) tiqu-test.fa: 输出的FASTA格式
提取基因序列文件
11-28
perl可编译代码，可用于提取目的序列文件中所需序列id
如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？
热门推荐
悟道西方
06-28 1万+
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何...
python 基因序列提取_利用biopython批量下载基因序列
weixin_39966225的博客
12-10 1333
构建自己需要的blast库,需要下载所有自己需要的基因。利用biopython可以快速完成。1.首先，利用 “org.Hs.eg.db” 将自己的基因symbol转成accession中的id1 library(org.Hs.eg.db)2 symbol=c("PDCD1","CD274","IL4","IL7")3 accession =mapIds(org.Hs.eg.db,keys=x,co...
利用python处理dna序列_利用Python编程提取基因组基因序列
weixin_39895167的博客
11-30 2904
生物技术。DOI：10.16660/j.cnki.1674-098X.2019.11.141利用Python编程提取基因组基因序列①庞雪原 张婷婷(东北农业大学生命科学学院 黑龙江哈尔滨 150036)摘要：当前分子细胞类中小型实验室缺乏生物信息或编程背景研究员，无法对基因组进行大数据挖掘。本文从生物信息学角度将Python编程应用于生命科学领域，利用循环遍历算法，和Python特有的字典...
从基因组提取启动子（任意区间）序列
weixin_46795596的博客
11-13 1329
利用脚本从基因组中抽取目标区间序列，或者根据ID从fasta文件中抽取序列。
基因家族进化分析之DNA序列批量获取
白在宣的博客
03-07 2327
使用方法参考: 基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取 Gene序列要获得的ID号不仅仅是seqid，而且还需要在染色体上的位置信息——起始和终止位置，以及染色体编号。这里就需要用到其他两个数据文件了，就是基因组序列（dna）和基因组注释文件（gff3）。思路——首先根据已经获得的ID号从gff文件中获取染色体位置信息，然后再用bedtools工具根据得到的染色体位置信息来获取基因的序列，最终得到基因集。 代码如下。 #!/bin/bash c=
利用Bio.SeqIO提取基因组中特定序列时注意事项
qq_42104052的博客
05-16 637
例如： from Bio import SeqIO # 读取基因组文件 fa_seq = SeqIO.read(fasta_t_path+'\\genome.fasta', "fasta") # 从基因组中提取我想要的基因（基因的位置信息从NCBI上找到为4130142:4131557） # 但不能用起始位置的4130142作为起始，因为seq的从基因组中提取序列的方式类似列表的切片，4130142该位置的碱基是不被包含进去的，所以用4130141 b = fa_seq.seq[4130141:
python 实战 - 根据已知蛋白名称从基因组提取蛋白序列
weixin_44681709的博客
04-29 2612
python 实战 - 根据已知蛋白名称从基因组提取蛋白序列
基因组序列genbank格式和fasta格式批量下载
Curry_chenhu的博客
11-07 7991
实验内容： 1.在PATRIC数据库检索栏选择“Genomes”，以Bifidobacterium（双歧杆菌）为关键字进行检索。 2.对上述检索结果进行进一步的过滤筛选，选择“Genomes Status”下的“Complete”，以及“Host Name”下的“Human, Homo sapiens”，完成检索结果的过滤筛选。 3.下载2中过滤后的结果，并保存为CSV文件格式。 4.利用Python提取CSV文件中各个基因组的“GenBank Accessions”，存储到想要的python列表中。 5.
提取基因结构信息linux,求助：哪位高手知道如何通过基因编号提取序列
weixin_39529443的博客
05-07 394
求助：哪位高手知道如何通过基因编号提取序列发布时间:2009-05-24 03:12:53来源:红联作者:huangqp[i=s] 本帖最后由 huangqp 于 2009-5-24 03:18 编辑 [/i]哪位知道如何利用基因号提取全序列一个文件file1含有基因号，如下，AT5G54820.1AT5G32220.1AT5G20470.1下面是一个database文件file2，想从中通过上面...
不会编程，如何快速截取序列
xxxie_的博客
07-27 1175
编者按 前面我们介绍了不会编程如何根据序列ID提取序列，以及不会编程如何进行批量操作，这次我们来介绍一下，在不会编程的情况下，如何截取序列。 输入文件 截取序列有多种方法，可以使用seqtk也可以使用bedtools等，输入文件为fasta格式，另外需要一个坐标文件，也就是需要截取哪条序列的哪个位置，这种基因组位置信息的文件其实就是bed格式文件。 fasta文件 chr1 ATGCGAGTGT...
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
m0_55059521的博客
05-04 1万+
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
资料总结分享：SAM,bam,bed文件格式
weixin_69558614的博客
05-07 1623
表示read比对到RNAME这条序列的最左边的位置，如果该read能够完全比对到这条序列（CIGAR string为M）则这个位置是read的第一个碱基比对的位置，如果该read的反向互补序列比对到这条序列，则这个位置是read的反向互补序列的第一个碱基比对的位置，所以无论该read是正向比对到该序列，或是其反向互补序列比对到该序列，比对结果均是最左端的比对位置。SAM文件中的每一行包含了比对的序列ID、比对的标志、参考序列的名称、序列的起始位置、比对得分、序列的序列等信息。
windows根据基因id从基因组fasta文件批量提取基因序列
最新发布
09-30
在Windows环境下，如果你需要批量从基因组FASTA文件中提取指定基因ID的序列，可以按照以下步骤操作： 1. **安装必要的工具**：首先，你需要一个能够解析FASTA文件并支持正则表达式的文本处理工具，如Python的Biopython库或者专门的命令行工具如samtools或bedtools。 2. **编写脚本或使用批处理**： - 如果选择使用Python，你可以创建一个Python脚本，利用`biopython`中的`SeqIO`模块读取FASTA文件，通过基因ID匹配来获取序列。例如： ```python from Bio import SeqIO def extract_sequence_by_id(fasta_file, id_list): sequences = {} for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): if record.id in id_list: sequences[record.id] = str(record.seq) return sequences # 调用函数 fasta_sequences = extract_sequence_by_id("genomes.fasta", ["gene1", "gene2"]) ``` - 对于命令行，可以编写一个bat批处理或者sh脚本来调用awk、sed等工具配合grep和cut命令来筛选和截取。 3. **运行脚本或批处理**： - 将含有基因ID列表的文本文件作为输入参数，运行你的脚本或批处理文件，它会生成包含指定基因序列的新文件或直接输出到控制台。 4. **错误处理**：记得检查文件路径是否正确，以及基因ID是否存在于FASTA文件中。
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