SNP基因芯片基因分型2 - 提取分析基因组区域的SNP芯片数据

最新推荐文章于 2025-06-05 15:46:18 发布

生信与基因组学

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分类专栏：生信分析项目进阶技能合集文章标签：数据挖掘数据分析 python

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本文介绍如何对SNP芯片数据，提取分析基因组区域的SNP芯片数据，用于后续介绍的基于SNP芯片的基因分型。

往期文章：

SNP基因芯片基因分型1 - 解析SNP芯片各样本等位基因数据

1. 提取分析基因组区域的SNP芯片数据程序基本用法

将上一步骤的结果文件作为输入文件，提取指定基因组区域的芯片数据。

# 运行方式, 默认dataType为ASA
# --input： SNP基因芯片基因分型1结果文件路径
# --output： 输出结果文件路径
# --region: 提取基因组区域, 格式: chr16:100000-200000
python extract_region.py \
--input /path/XXX_ASA_v1_FinalRepor