python读取CC-359磁共振数据集

数据集地址： Calgary-Campinas-359 (CC-359) dataset

这里选用singlecoil 部分进行举例

我的文件结构如下

选取Train_part1文件夹中的文件进行读取

 

#导入相关的包
import numpy as np
import os
import matplotlib.pyplot as plt

#读取文件
path='E:\\磁共振数据集\\CC-59\\Train_part1\\Train\\'#路径
files= os.listdir(path) 
data_all=[]
for file in files:
    with open("E:\\磁共振数据集\\CC-59\\Train_part1\\Train\\"+file, "rb") as fp:
        data = np.load(fp)
    data_all.append(data) #len(data_all)为12，共12个npy文件

print(data_all[0].shape) ##(170, 256, 256, 2)

给出的是K空间数据，最后一个维度2分别代表实部和虚部的数据

def to_complex(data):  
    # from data[256,256,2] to [256,256]complex
    data = data[:,:,0] + 1j*data[:,:,1]
    return data

选择一个切片进行绘图

img=np.fft.ifft2(to_complex(data_all[0][100]))#傅里叶变换转变成图像域

plt.figure(figsize=(8,8))
plt.subplot(121)
plt.imshow(np.fft.fftshift(np.log(1+np.abs(to_complex(data_all[0][100])))),cmap='gray')
plt.title('full k space')
plt.subplot(122)
plt.imshow(np.abs(img),cmap='gray')
plt.title("full image")
plt.show()

最后展示图片如下

 最后，此篇文章有参考 jinfeng2411的博客，原博客有数据集的百度网盘链接