代谢依赖驱动微生物共存

最新推荐文章于 2023-01-01 20:26:26 发布
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分类专栏： 文献阅读 文章标签： 微生物群落代谢重构
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本文链接：https://blog.csdn.net/ruby912/article/details/91359028
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研究发现，代谢依赖在多种群落的微生物共存中起着核心作用。通过对800个群落使用ModelSEEDpipeline进行代谢模型构建，揭示了物种间的代谢互依和资源竞争。代谢互作潜力(MIP)和代谢资源重叠(MRO)作为关键指标，显示了物种间的代谢交互和资源需求。此外，通过SMETANA分析，量化了跨喂养的灵活性，深入理解了微生物群落内部的动态平衡。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities

PNAS 2015 9+
European Molecular Biology Laboratory

Points:

使用了800 communities进行ModelSEED pipeline得到resource competition and metabolic exchanges
发现在多种群落中存在metabolically interdependent groups
列举co-occurring subcommunities中的flux-balanced metabolic exchanges，预测可能存在交换的代谢物
结论：代谢依赖是造成物种共存的主要驱动

co-occurring subcommunities

Fisher’s exact test, false discovery rate (FDR) 0.01
群落中物种门内及门间关系

在这里插入图片描述

代谢模型构建

单物种代谢模型重构：ModelSEED pipline，用mixed-integer linear programming (MILP)校正
多物种代谢模型构建：参考文献

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ruby912
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