在Windows上运行Freesurfer的简易方法(基于WSL2)

由于要处理一些结构像,需要使用到freesurfer这个软件,但它只能在Linux和MAC上运行,手头只有一台笔记本,于是想到使用WSL或者Docker来做。WSL可以使Windows运行Ubuntu。

注意此教程适应Windows 10 版本 2004 及更高版本,且freeview的GUI界面会遇到卡死BUG,但基本不影响使用。

配置要求如下(源自官网)(2019年前的轻薄本基本带不动)

FreeSurfer Release 7 System Requirements

Summary of Requirements:
See list of supported operating systems for each release below.
Intel processor supporting AVX instructions
RAM: 8GB for recon, 16GB suggested for viewing graphics
Graphics card: 3D graphics card with its own graphics memory & accelerated OpenGL drivers
Size of installed image: 16GB
Typical size of a processed subject: 300MB
Other requirements: Matlab (only needed to run FS-FAST, the fMRI analysis stream)

第一步:在Windows上安装WSL2

可以参考其他博主的教

FreeSurfer是一款用于进行神经影像处理和分析的软件工具,但是它目前确实不能在Windows操作系统中运行。主要有以下几个原因导致了这个限制。 首先,FreeSurfer的开发和优化主要是针对UNIX和Linux操作系统进行的。这些操作系统具有更好的兼容性和稳定性,同时也为科学研究提供了更多的工具和支持。相比之下,Windows操作系统在科学研究领域的应用相对较少,缺乏相应的工具和支持。 其次,FreeSurfer运行时需要使用一些优化的计算库和环境设置,如GSL、BLAS、OpenMP等。这些组件在Unix/Linux系统中更容易安装和配置,而在Windows系统下可能需要消耗更多的时间和精力,可能会导致运行效率下降,甚至出现错误。 此外,在过去的开发过程中,FreeSurfer团队将其重点放在了Unix/Linux平台的开发工作上,没有专门为Windows进行兼容性测试和适配工作。这也导致了Windows用户无法直接使用FreeSurfer。 对于希望在Windows系统上使用FreeSurfer的用户,一种解决方案是通过虚拟机或者运行双系统来使用。用户可以在Windows系统中安装虚拟机软件,如VirtualBox或VMware,然后在虚拟机中安装适合的Linux操作系统和FreeSurfer软件。这样可以在Windows系统中实现FreeSurfer的使用,尽管可能会稍微复杂一些。 综上所述,由于FreeSurfer的开发和优化主要面向Unix/Linux操作系统,并且缺乏对Windows系统的兼容性适配工作,目前无法直接在Windows系统上运行。但用户可以通过虚拟机或者双系统来实现在Windows系统中使用FreeSurfer的目的。
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