在Windows上运行Freesurfer的简易方法（基于WSL2）

由于要处理一些结构像，需要使用到freesurfer这个软件，但它只能在Linux和MAC上运行，手头只有一台笔记本，于是想到使用WSL或者Docker来做。WSL可以使Windows运行Ubuntu。

注意此教程适应Windows 10 版本 2004 及更高版本，且freeview的GUI界面会遇到卡死BUG，但基本不影响使用。

配置要求如下（源自官网）（2019年前的轻薄本基本带不动）

FreeSurfer Release 7 System Requirements

Summary of Requirements:
See list of supported operating systems for each release below.
Intel processor supporting AVX instructions
RAM: 8GB for recon, 16GB suggested for viewing graphics
Graphics card: 3D graphics card with its own graphics memory & accelerated OpenGL drivers
Size of installed image: 16GB
Typical size of a processed subject: 300MB
Other requirements: Matlab (only needed to run FS-FAST, the fMRI analysis stream)

第一步：在Windows上安装WSL2

可以参考其他博主的教程，此处不再赘述

需要注意的是，安装的Ubuntu版本会影响后面freesurfer版本的选择，此处建议安装22.04版的Ubuntu。

Windows10 安装 WSL2_win10安装wsl2-CSDN博客【开发工具】适用于Windows的Linux子系统一一WSL安装使用教程_wsl安装教程-CSDN博客

第二步：下载软件安装包和license（freesurfer的使用许可）

下载地址：DownloadAndInstall - Free Surfer Wiki --- 下载并安装 - 免费冲浪者维基 (harvard.edu)

第三步：在Ubuntu系统中安装freesurfer

1.首先，打开Ubuntu的命令行界面

（白色字体是成功安装freesurfer后，每次打开命令行界面都会出现的内容，还没安装就没有，可以作为是否安装成功的判断）

访问

jia@Nature:~$ cd /mnt/d/download  #访问下载好的 freesurfer ubuntu22-7.4.1 amd64.deb文件所在文件夹
jia@Nature:/mnt/d/download$ ls freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb #检查文件是否存在
freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb  #显示文件存在

jia@Nature:/mnt/d/download$ sudo apt-get update -y  #更新软件包列表
[sudo] password for jiasonglin:  #输入你的Ubuntu账户的密码

#更新结束后，安装freesurfer
jia@Nature: sudo dpkg -i ./freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb

设置环境变量

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.4.1
echo "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.4.1" >> $HOME/.bashrc

通过命令 ls $FREESURFER_HOME 检查检查 Freesurfer是否安装正确，出现以下内容代表前面的都正确

将下载好的license.txt移动到根目录

sudo cp /mnt/d/download/license.txt /

检查是否移动成功

jia@Nature:/usr/local/freesurfer/7.4.1$ cd #访问根目录
jia@Nature:~$ ls license.txt
license.txt  #成功

设置环境变量指向license.txt

jia@Nature:~$ echo "export FS_LICENSE=$HOME/license.txt" >> $HOME/.bashrc

设置显示的环境变量

jia@Nature:~$ echo "export XDG_RUNTIME_DIR=$HOME/.xdg" >> $HOME/.bashrc
jia@Nature:~$ echo "export DISPLAY=:0" >> $HOME/.bashrc

设置当每次打开linux命令窗口时配置freesurfer

jia@Nature:~$ echo "source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh" >> $HOME/.bashrc

此时安装已经完成，我们再次打开linux命令窗口，看看是否出现了以下内容

此时输入freeview即可打开GUI界面。