FreeSurfer的安装及使用（个人踩坑记录）

一、环境要求

目前只支持在Linux和MacOS系统，虽然可以用 -parallel 进行多线程处理，但基本消耗的是CPU内存。

二、FreeSurfer的下载与安装

1. 下载安装包

官网链接：rel7downloads - Free Surfer Wiki

根据自己系统型号下载对应安装包，我的电脑是Ubantu18.2的，下载的是freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar.gz，记得科学上网，不然下载要二十多个小时。

或者直接在官网复制下载链接后，在自己想要安装的路径下打开终端，使用如下命令下载安装包

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar.gz

2. FreeSurfer的安装

FreeSurfer没有繁琐的安装过程，对下载的压缩包进行解压即可，解压后目录下会生成名为freesurfer的文件夹，记住这个路径，之后配置环境需要用到

解压命令：

tar -zxv -f freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar.gz

3. 注册

软件需要官方授权，只需要在网站进行注册，官方会在发送一封邮件，把附件的license.txt放在刚才生成的freesurfer文件夹下即可

注册网站：FreeSurfer Registration form

4. 安装tcsh

在终端输入：

sudo apt-get install tcsh

5. 配置环境

根据解压的路径设置文件夹权