freesurfer对结构像分割流程及批处理代码

概述

FreeSurfer 是一个能够分析结构 MRI 图像的软件。换句话说，您可以使用 FreeSurfer 来量化大脑特定区域的灰质和白质的数量。 您还可以计算不同组织类型的皮层厚度、曲率和灰质体积，表面积等测量值。

freesurfer对结构像分割流程

下面给出freesurfer批处理流程：

freesurfer批处理代码

下面给出批处理代码，核心命令recon-all.

#!/bin/bash

export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w
T1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata

#以下是所有步骤一起跑，list被试的文件名。
for subj in `ls $T1wdata`
do
       	recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcache
done

recon-all命令详解：

recon-all -i ${data_dir}/001.dcm -s ${output_dir}  -sd ${output_path}

-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个