freesurfer对结构像分割流程及批处理代码
概述
FreeSurfer 是一个能够分析结构 MRI 图像的软件。换句话说,您可以使用 FreeSurfer 来量化大脑特定区域的灰质和白质的数量。 您还可以计算不同组织类型的皮层厚度、曲率和灰质体积,表面积等测量值。
freesurfer对结构像分割流程
下面给出freesurfer批处理流程:
freesurfer批处理代码
下面给出批处理代码,核心命令recon-all.
#!/bin/bash
export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w
T1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata
#以下是所有步骤一起跑,list被试的文件名。
for subj in `ls $T1wdata`
do
recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcache
done
recon-all命令详解:
recon-all -i ${data_dir}/001.dcm -s ${output_dir} -sd ${output_path}
-i 选项表示输入文件,输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像(可以有多个-i 选项,对应多个