Conda 下安装RDKit

最新推荐文章于 2024-07-01 16:24:55 发布
最新推荐文章于 2024-07-01 16:24:55 发布
阅读量797 收藏 2
点赞数
文章标签： conda python 深度学习
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_45137760/article/details/129433978
版权
RDKit是一个用C++和Python编写的化学信息学工具包，支持机器学习功能。若无Conda环境，需先创建名为nmy-rdkit-env的RDKit环境，然后激活。已有Conda环境则直接通过condainstallrdkit安装。如果下载失败，可尝试使用conda-forge通道安装。
摘要由CSDN通过智能技术生成

RDKit 是用 C++ 和 Python 编写的化学信息学和机器学习软件的集合。

无Conda环境

新建一个RDkit环境

$ conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit

进入环境

$ conda activate my-rdkit-env

有Conda环境

直接下载

conda install rdkit

如下载不成功，换一个方式

conda install -c conda-forge rdkit

暴躁小新。
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
如何下载rdkit
weixin_45156147的博客
02-04 1201
如何下载rdkit 刚开始用“conda install rdkit”语句尝试下载rdkit报错，如下图： 之后我在浏览器中进入https://anaconda.org这个网址，如下图： 之后在搜索框中直接搜索rdkit（注意一定要提前登录，否则无法进行搜索操作），如下图： 搜索出来的结果不止这些，在这里剩下的搜索结果就省略不上图了。 在搜索结果里，选择下图中的rdkit： 接着进入如下页面： 我选择了第一条语句进行安装，如下图： 之后会出现询问语句： 如上图回复 y 即可。 接着
RDKit 安装
发呆的比目鱼的博客
06-10 5228
RDKit 教程
Ubuntu机器安装rdkit指定版本，通过conda安装不需要make，有手就行。
最新发布
醉世老翁的博客
07-01 243
跟着文档敲就行，傻瓜式安装。
Pycharm使用Conda创建的新环境，并使用terminal下载rdkit
gangdongdemiao的博客
08-27 1880
1.配置anaconda环境变量 已经下载安装好anaconda之后，没有添加系统变量，找不到位置，所有系统无法识别conda命令。 添加对应的Anaconda环境变量：（以自己的anaconda安装路径为准） D:\programe\anaconda; D:\programe\anaconda\Library\mingw-w64\bin; D:\programe\anaconda\Library\usr\bin; D:\programe\anaconda\Library\bin; D:\progr
python包 —rdkit 安装
weixin_40408680的博客
05-04 1万+
python包—rdkit安装rdkit安装 rdkit安装 参考 http://www.rdkit.org/docs/Install.html （1）下载：https://sourceforge.net/projects/rdkit/ 适合的版本python2.7 解压到D:/ （2）设置环境变量： 新建系统变量 RDBASE： D:\RDKit_2015_09_2 在系统变量PYTHONPA...
rdkit包安装。
qq_35337126的博客
08-04 2083
直接用conda安装网速贼慢。 离线安装 下载 网址 ： https://anaconda.org/rdkit/rdkit 下载链接 点击files, 然后找到相应的版本。 然后还要下载boost . 一定要按照自己需要的版本来下载。以为是我需要的版本。大家可以通过安装rdkit的命令查看到版本。 离线安装命令（1）： conda install --use-local rdkit-2017.09.1-py36_1.tar.bz2 （2）conda install -c local rd
conda-rdkit:conda为rdkit构建配方
05-03
RDKit的Conda配方该存储库提供了构建与Anaconda Python发行版或其他conda环境一起使用的二进制软件包的方法。condaConda是一个开源，跨平台的软件包管理器。 它支持软件组件的打包和分发，并管理它们在隔离执行环境...
基于anaconda下强大的conda命令介绍
09-20
今天小编就为大家分享一篇基于anaconda下强大的conda命令介绍，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
源码编译安装RDKit时会遇到这个文件无法下载，所以需要手动编译安装添加到系统的环境变量
07-14
然而，在安装过程中，有时会遇到某些依赖文件无法通过常规方式（如pip或conda）自动下载的问题。本篇文章将详细介绍如何在遇到此类问题时，手动编译安装RDKit并将其添加到系统的环境变量。 首先，我们需要获取RDKit...
rdkit:RDKit库的官方资源
03-26
RDKit 是用C ++和Python编写的化学信息学和机器学习软件...或者，如果您使用的是conda-forge堆栈，则也conda-forgeRDKit。 适用于RedHat Enterprise Linux，Centos和Fedora的 。 由Gianluca Sforna提供。 Ubuntu和其
datamol:一个用于处理分子的python库。 建立在RDKit之上
04-07
基于RDKit的分子Python库 datamol是用于处理分子的python库...安装 使用conda： mamba install -c conda-forge datamol 快速API导览 import datamol as dm # Common functions mol = dm . to_mol ( "O=C(C)Oc1ccccc1C
anaconda3与rdkit安装教程（Linux系统）
weixin_47880303的博客
04-06 3711
一、安装anaconda 1. 下载Anaconda Linux版本 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh 或下载后上传至服务器 附下载好的百度云资源： 链接：百度网盘 请输入提取码 提取码：nuwq 2. 执行sh Anaconda*.sh 根据提示，依次输入yes，ENTER 3. 执行vi /root/.bashrc 用vi打开.bashrc文件，默认进入命令模式，输入“.
开源化学信息学库 ：ScaffoldGraph
DrugAI
04-07 2086
ScaffoldGraph是一个开放源代码化学信息库，使用RDKit和NetworkX构建，用于生成和分析骨架网络和支架树。1特点 骨架网络生成(Varin, 2011)通过迭代删除可...
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)
DrugAI
10-29 4163
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正) 一、RDKit简介 Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit点击打开链接 前面写的一篇CentOS 7下安装RDkit的文章，在测试的时候有很多报错，且不支持InChI和Avalon toolkit，后面使用中经常会报错。 现在更新一下新的测试全通过的安装方法。 二、安装环境 系 统：...
RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD
DrugAI
05-17 4993
计算两个小分子之间的RMSD，可以用来判断两个构象的接近程度。第一步：安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装，不赘述，网上很多教程。第二步：安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步：使用方法python isoRMSD.py mol1.pdb mol2.pdb rmsd.txt***************...
RDKit安装和使用
sxl的博客
11-02 7373
    因为做生物信息工作需要这个包去计算化学结构的相似性，所以就安装了这个工具包。安装过程中有一点小坑，在这里写出来供大家参考。     首先介绍一下，RDkit 是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++ 和python 的API 接口，因此可以使用这个包用python进行化学上的计算。     安装一定要使用anconda环境，我也用过python环境去装结果不行。IDE使用的
用conda管理Python包
热门推荐
Macer3的博客
12-19 1万+
conda是一个很好的包管理工具，在用了Anaconda之后一直不知道怎么用conda进行管理，其实很简单，就是没人教，慢慢自己摸索了一点。直接在Anaconda的命令行里输入相应命令就行了。虽然在国内用不是很方便，希望有快一点的源。 清理 conda clean --lock     --tarball     --package (安装包)     安装或更新包 conda
MacOS虚拟环境中安装rdkit经验
m0_56302389的博客
06-13 399
python3.8的环境安装rdkit的几种方法
jupyter notebook安装rdkit
10-20
在安装完rdkit后，如果想要在jupyter notebook中使用rdkit，需要进行以下步骤： 1. 打开Anaconda Prompt并激活安装rdkit的环境（例如my-rdkit-env）。 2. 在激活的环境中安装ipykernel，命令为conda install -n my-rdkit-env ipykernel。 3. 在激活的环境中安装jupyter notebook，命令为conda install -n my-rdkit-env jupyter notebook。 4. 在激活的环境中安装notebook扩展，命令为conda install -n my-rdkit-env nb_conda_kernels。 5. 执行jupyter notebook，并在页面中选择kernel为my-rdkit-env。 这样就可以在jupyter notebook中使用rdkit了。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值