Windows环境安装Velocity.R

1.首先安装Rtools，The Comprehensive R Archive Network（清华镜像，下载要快一点）

根据自己的R版本选择

顺着点就行了

2.安装Visual Studio，这是个免费软件，安装的模块里选择C++桌面开发下载 Visual Studio Tools - 免费安装 Windows、Mac、Linux

安装一定要选C++桌面开发

3.下载Boost压缩包，Boost C++ Libraries

下载windows的zip包，解压

4.下载velocyto包，https://github.com/velocyto

5.Boost压缩包解压，找到..\tools\build文件夹下的bootstrap.bat文件，然后在Windows Terminal里运行这个bat文件

6.输入 .\b2 --prefix==你的安装路径 install

7.双击b2文件，运行

8.还是这这个boost的文件夹下，找到名为boost的子文件夹，然后复制它的所有文件（不要把boost子文件夹直接复制过来，要手动把boost子文件夹里的所有文件全选后复制）

9.在解压后的velocity.R文件夹下，手动从创建..\inst\include文件夹，然后把上面boost文件夹里的东西粘贴进去

10.找到velocity文件夹下的..\src\makevars文件，用记事本打开，删掉“PKG_LIBS”那一行，替换成下面这两行：

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LIBS= -lstdc++ $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS)  $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(FLIBS)

11.在Rstudio输入

install.packages("D:/Donot/velocyto.R-master/velocyto.R-master/", repos = NULL, type = "source")

（不用再压缩包了，中间的路径换成自己最后一个velocyto.R-master路径）