- 下载id号
在geo中搜自己的数据,进入SRA,点击Accession List,得到一个文本文件,里面列出了SRR的id号
(但是好像有的SRR没有fastq文件,我还试了另一种方法:点进去任意一个SRR,点击上面的fastq download,左边列出的就是所有的有fastq的SRR号。不过好像如果没有的srr文本文件就直接不下了)
(ENA Browser这个网址也可以输入GSM号查fastq 好像可以直接获得地址,不用自己转,但是我没试过)参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据的改进脚本
2. 安装prefetch
#从ncbi下载
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
#解压压缩包
tar -zxvf sratoolkit.current-centos_linux64.ta