手把手教你安装SignalP6

首先创建conda虚拟环境Signalp，使用python=3.7（方便安装依赖包）

并激活conda环境

conda create -n Signalp python=3.7
conda activate Signalp

安装所需的python包依赖

 matplotlib>3.3.2

​​​​​​​ pip install matplotlib

 numpy>1.19.2

conda install numpy

torch>1.7.0,<2，选择安装1.8.1的

pip install torch==1.8.1+cpu torchvision==0.9.1+cpu torchaudio==0.8.1 -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html

tqdm>4.46.1

pip install tqdm

进入python中，验证上面4个依赖是否正确安装，以及版本是否正确

python

import torch

print(torch.__version__)

exit()

安装signalp6

在https://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-6.0/网站，提交信息，等待邮件，获得下载链接，链接有效时间只有4小时，尽快下载。

上传到服务器，软件安装包大概1.4G左右。

解压缩、安装、测试文件

tar zxvf signalp-6.0h.fast.tar.gz #解压缩

python setup.py install #进入解压缩后生成的signalp6_fast/signalp-6-package路径，找到setup.py安装包进行安装

signalp6 --help #测试signalp6是否安装成功

移动model位置：将安装包里的distilled_model_signalp6.pt文件，拷贝到虚拟环境中软件的安装位置(前面是我的signalp6的安装路径，后面是创建的conda环境Signalp中python3.7组件的位置)

cp /parastor/home/zhangwj02/MetaWIBELE/signalp6_fast/signalp-6-package/models/distilled_model_signalp6.pt /parastor/home/zhangwj02/miniconda3/envs/Signalp/lib/python3.7/site-packages/signalp6-6.0+h-py3.7.egg/signalp/model_weights/distilled_model_signalp6.pt

至此，signalp6已经安装成功啦！

来看一下help页面~