lammps命令pair_coeff

最新推荐文章于 2025-02-25 06:31:12 发布

飞扬的梦(´-ω-`)

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文章标签：材料工程

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版权

pair_coeff command — LAMMPS documentation

语法

pair_coeff	I J args

I,J=numeric atom types(see asterisk from below),or type labels
args = coefficients for one or more pairs of atom types

示例

pair_coeff	1 2 1.0 1.0 2.5
pair_coeff 	2 * 1.0 1.0
pair_coeff	3* 1*2 1.0 1.0 2.5
pair_coeff	* * 1.0 1.0
pair_coeff	* * nialhjea 1 1 2
pair_coeff	* 3 morse.table ENYRY1
pair_coeff	1 2 lj/cut 1.0 1.0 2.5 #(for pair_style hybird)

labelmap atom 1 c
labelmap atom 2 H
pair_coeff C H 1.0 1.0 2.5

说明

pair_coeff 为一对或者更多对原子类型指定对势力场参数。参数的数量和含义取决于所使用的对势类型。对势参数可以在 data 文件中指定，并通过 read_data 命令读取，也可存在重启文件中。

I 和 J 可以通过多种方式指定。

可以像第一个例子一样，使用显式的方式指定。
I,J 也可以是类型标签（type label），使用 labelmap 定义的字母数字字符串或者从 read_data 命令读取的数据文件中定义的类型标签，LAMMPS 会将这些标签内部转换为数值类型。
通配符：仅使用于数值类型，可以用于指定多个原子类型对。具体形式包括：
*：所有类型（从 1 到 N，N 是原子类型的总数）
1. *n：从 1 到 n（包括 n）
2. n*：从 n 到 N（包括 n）
3. m*n：从 m 到 n（包括 m 和 n）
4. 注意：对于通配符语法，LAMMPS 仅会考虑 I<=J 的情况，如果通配符隐含了 J<I 的类型对，这些对将被忽略。LAMMPS 会为对称的 J，I 交换设置与 I，J 交互相同的系数。

覆盖先前的设置

pair_coeff 命令可以覆盖先前对相同 I，J 对的设置。例如：

pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 #为所有I,J对设置系数
pair_coeff 2 3 2.0 1.0 1.12 #覆盖I,J=2,3对的系数

数据文件中的 Pair Coeffs 部分

数据文件中的 Pair Coeffs 部分使用于 pair_coeff 命令相同的格式，但有以下区别：

每行仅指定一个类型 I，用于设置 I 与 I 交互的系数
该部分的行数必须等于原子类型的总数
因此，数据文件中不能使用通配符*。例如，上述示例在数据文件中应写为：

2 1.0 1.0 2.5

混合规则

对于许多势函数，如果未通过 pair_coeff 命令显示设置 I!=J 的系数，LAMMPS 会通过混合规则从 I,I 和 J,J 的设置中推断这些值。详情请参阅 pair_coeff 命令。

使用势函数文件

许多 pair_style（尤其是多体势函数）使用表格化的势函数文件作为输入。LAMMPS 提供的势函数文件位于分发包的 potentials 目录中。对于某些势函数（如 EAM），也可以在网络上找到合适的文件。只要这些文件的格式符合 LAMMPS 的要求，就可以使用。

势函数文件的第一行可能包含元数据，例如 DATE：和 UNITS：标签。LAMMPS 会解析并使用这些标签：

DATE：标签的值会打印到屏幕和日志文件中，以便识别势函数文件的版本。
UNITS：标签指示该势函数所需的单位设置。如果单位不匹配，LAMMPS 会报错并终止运行。如果文件中没有 UNITS 标签，LAMMPS 不会进行检查，用户需自行确保单位设置正确。在某些情况下，LAMMPS 能够自动转换势函数文件的参数。如果发生自动转换，屏幕上会显示警告信息。

查找势函数文件

使用 pair_coeff 命令指定势函数文件时，LAMMPS 会在以下两个位置查找文件：

指定路径：例如，如果文件指定为 niu3.eam，LAMMPS 会在当前工作目录中查找。如果指定为 …/potentials/niu3.eam，则会在potentials 目录中查找。
环境变量 LAMMPS_POTENTIALS：如果文件未在指定路径中找到，LAMMPS 会在 LAMMPS_POTENTIALS 环境变量指定的目录中查找。例如，如果将该变量设置为 LAMMPS 分发包中的 potentials 目录，则可以从系统中的任何位置使用这些文件，而无需将其复制到工作目录中。环境变量的设置方式因 shell 而异，示例如下：

csh/tcsh：

setenv LAMMPS_POTENTIALS /path/to/lammps/potentials

bash：

export LAMMPS_POTENTIALS=/path/to/lammps/potentials

Windows：

set LAMMPS_POTENTIALS="C:\\Path to LAMMPS\\Potentials"

LAMMPS_POTENTIALS环境变量可以包含多个目录路径，路径之间用 ;（Windows）或 :（其他操作系统）分隔

其他信息

LAMMPS 中定义的 pair_style 列表可以在 pair_style文档页面或 Commands pair 文档页面找到。点击每种 pair_style 可以查看其计算公式和 pair_coeff 命令所需的系数。

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