基于ISOMAP算法实现测地线的绘制

在学习西瓜书上的流形学习时，我们学习到了测地线的概念，那么如何画测地线呢?所谓“条条大路通北京”，上一篇文章我们根据西瓜书实现了测地线的画法，但是作者觉得在求距离矩阵时自己的代码有些啰嗦，所以本文将针对求距离矩阵的方法进行改进。

文章目录

前言

一、具体步骤

1.引入库

2.读入数据

3.绘图

 4.测地线的绘制

4.1调用ISOMAP方法获取距离矩阵

4.2找出从源点到终点的最短路径 

​编辑

 4.3绘制

5.结果展示

总结

源代码：

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前言

 在学习西瓜书上的流形学习时，我们学习到了测地线的概念，那么如何画测地线呢?

首先看书上怎么说的

 书上讲的很清楚了，求测地线的步骤大致为：

（1）首先对每个点基于欧 氏距离找出其近邻点

（2）建立一个近邻连接图，近邻点之间存在连接，而非近邻点之间不存在连接

（3）找出从源点到终点的最短路径，连接起来就是我们要的测地线了

所以接下来我将按照这个步骤一步步的实现它。

一、具体步骤

1.引入库

代码如下（示例）：

import mat4py as mp
import numpy as np
# 载入必要库
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from sklearn import datasets
%matplotlib inline
import pandas as pd
import networkx as nx  # 导入 NetworkX 工具包

from sklearn.neighbors import NearestNeighbors

2.读入数据

代码如下（示例）：

from sklearn.datasets import make_swiss_roll
# 用make_swiss_roll得到渐变色
X, t = make_swiss_roll(n_samples=1000, noise=0.2, random_state=42)

3.绘图

我们看一下原始数据集在3维空间上的分布，可以看到这是一个流形。

# 绘图
fig = plt.figure(figsize=(12, 8))
ax = Axes3D(fig, elev=10, azim=80)
ax.scatter(X[:, 0], X[:, 1], X[:, 2], c=t, cmap=plt.cm.Spectral)
ax.set_title('S Curve', fontsize=20)

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 4.测地线的绘制

4.1调用ISOMAP方法获取距离矩阵

isomap = Isomap(n_components=3,n_neighbors=3)
data_2d = isomap.fit_transform(X)
dist_matrix = isomap.dist_matrix_

 为什么可以根据ISOMAP方法求解近邻矩阵呢？由下面的ISOMAP算法求解流程就可知道了

4.2找出从源点到终点的最短路径 

接下来就可以直接求最短路径了，比之前的方法简洁多了。（反正是能调库就调库吧，毕竟人家写的比我们好）

dfAdj = pd.DataFrame(dist_matrix)
G1 = nx.from_pandas_adjacency(dfAdj)  # 由 pandas 顶点邻接矩阵 创建 NetworkX 图
# 两个指定顶点之间的最短加权路径
minWPath = nx.bellman_ford_path(G1, source=source, target=target)  # 顶点 10 到 顶点 100 的最短加权路径
print("最短路径为：",minWPath)

 4.3绘制

有了最短路径，把路径上的点连起来就可以进行绘制了

（1）获得坐标

if len(X[0])==2:
        x=[]
        y=[]
        for i in minWPath:
            x.append(X[i,0])
            y.append(X[i,1])
        return x,y
    if len(X[0])==3:
        x=[]
        y=[]
        z=[]
        for i in minWPath:
            x.append(X[i,0])
            y.append(X[i,1])
            z.append(X[i,2])
        return x,y,z

（2）绘制

import matplotlib as mpl
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

# 绘图
fig = plt.figure(figsize=(12, 8))
ax = Axes3D(fig, elev=10, azim=80)
ax.scatter(X[:, 0], X[:, 1], X[:, 2], c=t, cmap=plt.cm.Spectral)
ax.set_title('S Curve', fontsize=20)

x,y,z=cedi_line(X)
ax.plot(x, y, z, label='parametric curve',color='red')

# 显示图例
ax.legend()

# 显示图形
plt.show()

5.结果展示

降成二维后，测地线的绘制

 

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总结

以上就是今天要讲的内容，本文基于西瓜书上绘制测地线的方法进行了实现，是对上一篇文章的改进，毕竟进无止境嘛。至于有不有更简洁、更正确的画法，还请不吝赐教！

源代码：

本文参考的文章：

https://mp.csdn.net/mp_blog/creation/editor/124701958https://mp.csdn.net/mp_blog/creation/editor/124701958