Python中文件路径，模块，包，命令行参数

文件路径

那我自己下载的Python来做演示了

#windows
my_py = 'C:/Users/ASUS/AppData/Roaming/Microsoft/Windows/Start Menu/Programs/Python 3.10/python.exe'

C为顶级目录，在windows里面直接粘贴过来是右斜杠但是我们一般linux里面都是以左斜杠分割，右斜杠一般表示转译，所以需要转换。

绝对路径与相对路径

一般linux里面我们敲代码pwd出来的就是我们的工作目录，在工作目录里面衍生的其它文件夹，我们可以使用相对路径打开，开头就是其它文件，绝对路劲就是从根目录开始，包含所有的文件夹，比如在我们电脑文件夹全部粘贴过来的就是绝对路径

字符串解析路径

s0 = '基因课Python学习/Python20201122/data/fasta_example_data/small_ls_orchid.fasta'
info = s0.split('/')  #切割
filename = info.pop()     #挑出最后一个元素
filedir = '/'.jion(info)     #读出文件夹
print('文件名:',filename)
print('文件名:',filedir)

pathlib 解析路径

以前都是使用的OS来解析路径，但是现在pathlib要更强一些。

#从pathlib 中导入 Path
from  pathlib import Path

Path.home()    #打印家目录
Path.cwd()       #打印当前目录
# 将字符串转换为 Path
p0 =Path(re)
# 转为绝对路径
print('绝对路径:’,p0.absolute())
print('文件夹路径:’,p0.parent)
print('文件名（含后缀）:’,p0.name)
print('文件名（不含后缀）:’,p0.stem)
print('后缀:', p0.suffix)

模块与包的逻辑

安装与卸载模块，找到你的Python路径里面的pip，cd切换目录到pip目录下，使用 pip install biopython下载 biopython模块，同样卸载pip uninstall biopython

安装路径

默认的安装路径，可以使用sys模块里面的sys.path查看。导入模块时，会按照顺序依次搜索。所以如果在不同路径下安装了同一个模块的不同版本，排在前面的模块会被优先使用。

import sys
print (sys.path)

打印下载路径，存在先后顺序。

导入模块

1.导入模块

import argparse

导入argparse模块，相当于执行了模块中的所有代码。

2.导入包

import pandas as pd

导入 pandas 包并命名为pd，会运行pandas/__init__.py，但不会导入包中的任何模块，不过pandas/__init__.py程序中通常有导入操作。

导入Bio 包下的 SeqIO 子包

from  Bio  import SeqIO 

3.导入包里的类、方法、变量
导入 Bio.Seq 模块中的Seq 类

from  Bio.Seq  import Seq

导入 Bio.SeqRecord 中的 SeqRecord 类

from  Bio.SeqRecord  import SeqRecord 

命令行参数

import sys
from Bio import SeqIO 
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq
import re 


fn = 'Pythontestdata/TAIR10/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa'
seq_index = SeqIO.index(fn,'fasta')
chr_len = {k:len(v.seq) for k,v in seq_index.items()} 

代码中fn = ‘路径’ ，路径已经被写死，要想写成程序就需要写外部参数如下

test.py

import sys
a=float(sys.argv[1])
b=float(sys.argv[2])
print(a+b)

当我们运行test.py时，如[‘test.py’,‘1’,‘2’],运行下来就会得三，相当于一个加法计算小程序。默认把输入的参数调到脚本外部输入，所以就免得使用者，进脚本更改fn = ‘使用者需要输入的数据文件’。这样会友好很多。

小结

今天就到这了，明天接着，最近睡眠有点不足，还是得好好休息，加油打工人，哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈！