查看vcf文件行数

已于 2024-01-02 21:40:04 修改
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文章标签： vcf
于 2024-01-02 21:39:48 首次发布
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在 Windows PowerShell 中

Get-Content C:\Users\Desktop\data\data\W200k.final.convert_newID.vcf | Measure-Object -Line

在Unix/Linux 环境下

wc -l /mnt/workspace/wzf/W200k.final.convert_newID1.vcf

小趴菜日记
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linux获取文件列数
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01-18 2873
获取文件列数 统计文件列数 列数统计
linux提取多个文件的某一列,linux – 如何从多个文件中提取一列,并将这些列粘贴到一个文件中？...
weixin_39623671的博客
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我想从多个文件中提取第5列,按数字顺序命名,并将这些列按顺序粘贴到一个输出文件中.文件名看起来像：sample_problem1_part1.txtsample_problem1_part2.txtsample_problem2_part1.txtsample_problem2_part2.txtsample_problem3_part1.txtsample_problem3_part2.txt....
生信软件14 - bcftools提取和注释VCF文件关键信息
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VCFtools可用于变异信息的描述性统计，计算，过滤和格式转换。
linux 查看vcf文件,VCF格式文件的shell小练习
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首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir -p ~/biosoftcd ~/biosoftwget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86...
Linux命令查看.csv文件的前几行或后几行
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03-02 7342
提示：Linux系统下，查看.csv文件的前几行或后几行的方法总结 1、head,tail 用起来 1） 单纯查看文件的***前10行或后5行*** 查看 /etc/profile文件的前10行内容： head -n 10 /etc/profile 查看 /etc/profile文件的后5行内容： tail -n 5 /etc/profile 2） 查看文件的第3000～3999行 cat /etc/profile ｜ tail -n 3000 | head -n 1000 3) 同时查看文件的.
图文详解 VCF 生信格式 (变异信息)
Baimoc
11-09 5148
vcf （Variant Call Format）是一种用于存储基因组序列中的变异信息一般用在 单核苷酸变异（SNV），小片段插入缺失（INDEL）等也用于 拷贝数变异（CNV），SV（结构变异）等SNV：参考基因组在1号染色体7845190为 C，但检测样本在同样位置为 AINDEL：包含插入和缺失两种。
VCF文件数据记录格式
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06-25 624
介绍了VCF文件的格式内容及示例。生物信息学笔记。
如何使用vcftoos呢？CHATGPT告诉你
Jasmine_X_C的博客
03-03 1889
这个命令会从 input.vcf 中统计 SNP、INDEL、MNPs 和其他变异类型的数量，并将结果保存到 output.frq.count。这个命令会从 input.vcf 中统计每个样本的杂合度和缺失率，并将结果保存到 output.het 和 output.imiss。这个命令会从 input.vcf 中添加每个位点的全局和样本群体的频率信息，并将结果保存到 output.frq。这个命令会从 input.vcf 中保留所有杂合位点，并将结果保存到 output.vcf。如何使用vcftoos呢？
浅谈如何在优麒麟22.04中使用Eigenstrat和Plink工具生成类23andMe格式原始数据
qq_53947118的博客
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vcf_stats:独立 HTML5 中 VCF 文件的统计信息
06-13
vcf_stats 独立 HTML5 中 VCF 文件的统计信息 例子 跑步 输入 file1.vcf file2.vcf filen.vcf pyhton vcf_stats.py file1.vcf file2.vcf filen.vcf 输出 file1.vcf.json file2.vcf.json filen.vcf.json python vcf_stats_report.py file1.vcf.json file2.vcf.json filen.vcf.json 输出 vcf_stats_report.py_report.html open vcf_stats_report.py_report.html in your browser and select the desired file to see the report.
用重测序数据对芯片测序数据进行基因组填充
m0_54898708的博客
10-09 1102
file1是从网上下载的山羊的重测序文件，SBWC_goat 是山羊的芯片测序数据文件（两个都是软链接到别人目录下的）计划用file1对SBWC_goat*做基因型填充beagle命令; 1.输入文件gt处理 1.1plink正常格式转二进制格式 map和bed文件转vcf要先转二进制文件、再转vcf（-_-||）转二进制文件命令 --make-bed由于楼主这里染色体数目不是人类的23是羊的 故设置--chr-set 30并且还包括一些个体编号 故加上--allow-extra-chr 输入命令
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VCF格式详解 CHROM(chromosome):染色体 POS - position:参考基因组variant碱基位置，如果是INDEL（插入缺失），位置是INDEL的第一个碱基位置 ID - identifier: variant的ID。比如在dbSNP中有该SNP的id，则会在此行给出；若没有，则用’.'表示其为一个novel variant。 REF - reference base(s):参考碱基，染色体上面的碱基，必须是ATCGN中的一个，N表示不确定碱基 ALT - alternate ba
linux 查看vcf文件,转载-VCF格式详解
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CHROM(chromosome):染色体POS - position:参考基因组variant碱基位置，如果是INDEL(插入缺失)，位置是INDEL的第一个碱基位置ID - identifier:variant的ID。比如在dbSNP中有该SNP的id，则会在此行给出；若没有，则用’.'表示其为一个novel variant。REF - reference base(s):参考碱基，染色体上面...
基因数据处理77之从vcf文件中提取某条染色体的数据
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1.代码：/** * @author xubo */ package org.gcdss.cli.vcfimport org.apache.spark.{SparkConf, SparkContext}/** * Created by xubo on 2016/5/23. */ object extractGRCH38chr20vcf { def main(args: Array
linux统计染色体长度,利用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量...
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1.获得基因组的各染色体的长度信息$ samtools faidx genome.fa#生成gemome.fa.fai文件第一列为染色体，第二列为对应染色体长度chr01 44488843 7 44488843 44488844chr02 38522657 44488858 38522657 38522658...
实现文件中名词的统计计数_Dsuite: 从VCF文件中快速计算D统计量和亲缘相关性的工具...
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一旦 VCF 文件被读取，你可以通过打印变量 `v` 或者使用 `summary(v)` 来查看数据结构和基本信息。之后，你可以利用这些数据进行各种遗传分析，例如查找特定位置的变异类型（SNP, INDEL等），计算等位基因频率，或者...
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