Lammps输出dump文件后处理

file_id = 'FePSS_0.cus'
text_lines = []
with open(file_id, 'r') as file:  # 替换'your_file.txt'为你的文件名
    for line in file:
        text_lines.append(line.strip())  # 去除每行末尾的换行符并添加到列表
values_col_1 = [int(line.split()[0]) for line in text_lines[9:]]
values_col_3 = [float(line.split()[2]) for line in text_lines[9]]  # 假设数据是以空格分隔

代码中需要更改的参数。 

LAMMPS是一种分子动力学模拟软件,可以生成dump文件来存储模拟过程中的原子坐标、速度和势能等信息。dump文件的具体内容取决于模拟所使用的LAMMPS命令和参数。 通常,dump文件的每一行表示一个原子的信息,包括原子ID、类型、坐标、速度、势能等。例如,一个典型的dump文件可能如下所示: ``` ITEM: TIMESTEP 0 ITEM: NUMBER OF ATOMS 1000 ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp 0.0000000000000000e+00 1.0000000000000000e+01 0.0000000000000000e+00 1.0000000000000000e+01 0.0000000000000000e+00 1.0000000000000000e+01 ITEM: ATOMS id type x y z vx vy vz pe 1 1 0.1000000000000000e+01 0.1000000000000000e+01 0.1000000000000000e+01 -0.1000000000000000e+02 -0.1000000000000000e+02 -0.1000000000000000e+02 0.1000000000000000e+02 2 1 0.2000000000000000e+01 0.2000000000000000e+01 0.2000000000000000e+01 -0.2000000000000000e+02 -0.2000000000000000e+02 -0.2000000000000000e+02 0.2000000000000000e+02 ... 1000 2 0.9000000000000000e+01 0.9000000000000000e+01 0.9000000000000000e+01 -0.9000000000000000e+02 -0.9000000000000000e+02 -0.9000000000000000e+02 0.9000000000000000e+02 ``` 其中,第一部分表示模拟的时间步长,第二部分表示模拟中原子的总数目,第三部分表示模拟空间的边界,第四部分表示每个原子的具体信息。 需要注意的是,dump文件中的数据都是以科学计数法表示的,需要进行格式化处理才能直观地观察数据。另外,dump文件的具体格式也可以通过LAMMPS的相关命令进行自定义。
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