lammps软件_LAMMPS中的输出命令（八）

点击蓝字，关注我们

dump image命令直接输出的图片

在前面的介绍中，我们依次介绍了LAMMPS创建模型，力场与势函数，变量命令以及操作fix命令和计算compute命令。在完成这些命令的设置之后，最终得到的计算结果包括体系的热力学量，各个原子的位置坐标与速度等信息，还要通过合理的方式输出并通过可视化或图表处理，才能获得能够指导实验与理论研究的模拟结果。因此，学习包括log, dump, thermo, thermo_style, thermo_modify 等等在内的输出命令也是学习LAMMPS的重要部分。本文将依次介绍上述输出命令的主要用法。

log命令

语法

log file keyword

file:为新的日志文件的文件名

keyword:为关键字，只有一个选择，即append。如果添加该关键字，接下来的输出会附加在指定的log文件中，而不是重新创建。

举例

log log.equil

log log.equil append

说明

在读取了in文件之后，LAMMPS会同时在终端屏幕上和日志log文件里同时输出模拟的初始化信息，预测模拟时长，给出内存的占用量和每隔一定步数的热力学信息，如下图所示：

loop time是模拟运行的实际时间，以秒为单位。Performance预测了完成模拟所需的时间，例如上例中，每天可以计算实际时间的18.436纳秒。Timing breakdown给出了计算势函数，建立邻域列表以及计算核心之间通信的时间占总时间的百分比，最后是一些邻域列表建立的信息。

默认地，log.lammps是LAMMPS的默认输出文件，如果使用log命令，LAMMPS会重新建立一个文件，文件名由使用者指定，并将LAMMPS的输出信息输入到新的文件中，如果使用了append关键字，LAMMPS会将输出信息附加在现有的新log文件中，而不是重新创建一个文件。

dump 命令

语法

dump ID group-ID style N file args

ID：用户指定的dump的名称

group-ID：用于输出的组的名称

style：用于控制输出原子的数值类型和文件格式，LAMMPS有丰富的输出格式，包括atom or atom/gz or atom/mpiio or cfg or cfg/gz or cfg/mpiio or custom or custom/gz or custom/mpiio or dcd or h5md or image or local or molfile or movie or netcdf or netcdf/mpiio or vtk or xtc or xyz or xyz/gz or xyz/mpiio可以使用。

N：每个N步进行一次输出

file：用于指定dump输出的文件路径和名字

args：每种类型style都对应不同的参数，来控制每种类型输出的格式。

举例

dump myDump all atom 100 dump.atom
dump myDump all atom/mpiio 100 dump.atom.mpiio
dump myDump all atom/gz 100 dump.atom.gz
dump 2 subgroup atom 50 dump.run.bin
dump 2 subgroup atom 50 dump.run.mpiio.bin
dump 4a all custom 100 dump.myforce.* id type x y vx fx
dump 4b flow custom 100 dump.%.myforce id type c_myF[3] v_ke
dump 4b flow custom 100 dump.%.myforce id type c_myF[*] v_ke
dump 2 inner cfg 10 dump.snap.*.cfg mass type xs ys zs vx vy vz
dump snap all cfg 100 dump.config.*.cfg mass type xs ys zs id type c_Stress[2]
dump 1 all xtc 1000 file.xtc

说明

dump是LAMMPS最常用的输出命令，它可以输出每个一定步数输出每一个原子的信息，这些信息对应一定的格式可以利用style中各种选择控制。此外，dump命令还可以输出JPG, PNG等格式的图片，并且可以将这些图片压缩成为一个动画。注意如果想要使用dump movie或image命令，需要在编译时修改makefile中的以下命令，而且还需要在后面指明PNG或JPEG或FFMPEG的库路径。

LMP_INC = -DLAMMPS_JPEG
LMP_INC = -DLAMMPS_PNG
LMP_INC = -DLAMMPS_FFMPEG

dump命令输出的原子坐标有可能在模拟盒子之外，这是因为周期性边界条件仅在建立邻域列表时起作用。如果用户希望强制所有原子都在模拟盒子内，可以利用dump_modify pbc的命令。

如果没有使用dump_modify sort命令，那么dump输出的每个原子的顺序是无规律的，不会按照原子的ID或某些顺序排列。但是，对于某些类型例如dcd，xtc，xyz和molfile，按照原子ID排序是默认的。

某些类型后面带有/gz的后缀，例如atom/gz, cfg/gz, custom/gz和xyz/gz，这些类型输出的时候是压缩文件，此时输出文件的名称必须以.gz为后缀。此外，带有/mpiio后缀的类型名与不带后缀的类型输出文件是相同的，不同的是有后缀/mpiio的类型名是通过并行库MPI-IO进行输出的。并行输出在输出文件很大或者输出频率很高时有更快的输出效率，使用并行输出需要在编译LAMMPS时使用mpiio包，即make yes-mpiio。

下面简要介绍一下各个类型atom类型的输出文件会输出原子ID，原子类型和原子坐标，默认地，这些坐标是按照模拟盒子的相对比例输出的，如果

希望直接输出绝对坐标，可以利用dump_modify进行修改。

custom类型的输出类型中，用户可以自己定义每个原子的输出量，不仅可以输出每个原子的坐标，还可以输出速度，电荷，或者是用户自己计算的atom类型的变量，custom类型在dump中用于自定义输出非常方便。

local类型用于输出compute或fix命令中计算局部性质的命令，例如compute property/local，该类型可以输出每个原子的键长，键角等信息。

cfg类型用于输出CFG格式的文件，可以用于Atomeye的可视化输入。dcd类型输出DCD类型的文件，用于CHARMM, NAMD和XPlor等分子动力学模拟软件的输入。xtc类型输出XTC文件，用于GROMACS软件的输入。xyz类型可以输出XYZ类型的文件，该文件通用性较强，可以被多个可视化软件或模拟软件使用。

可视化软件Ovito和VMD可以识别atom, custom, dcd, xtc和xyz等类型的文件，是非常强大可视化软件。 

thermo命令

语法

thermo N

N：用于控制log文件中每N步进行一次输出热力学信息。N可以是一个变量。

举例

thermo 100

thermo v_i

说明

该命令非常简单，就是控制log文件中每N步进行一次输出热力学信息，如果N的值设置为0，LAMMPS只会在模拟开始和结束各输出一次热力学信息。注意，如果N被指定为变量，需要利用v_name的形式引用变量，这样在每一次热力学量被输出后，变量N都会被重新计算，并在下一次达到相应的步数后输出热力学量。

有关热力学量输出的类型的控制都是使用thermo_style和thermo_modify命令。

thermo_style命令

语法

thermo_style style args

style：用于控制热力学量输出的类型，包括三个选择, one,multi和custom。

args：用于补充各个类型中具体格式的设置，其中关于custom的参数可以选择的输出量非常丰富，几乎包括了体系所有可能的性质。

举例

thermo_style multi
thermo_style custom step temp pe etotal press vol
thermo_style custom step temp etotal c_myTemp v_abc
thermo_style custom step temp etotal c_myTemp[*] v_abc

说明

该命令控制了log文件中和终端屏幕上输出的热力学量的类型。

one类型将依次输出：step temp epair emol etotal press，分别为当前步数，温度，对势能，分子势能，总能量和压强。

multi是类型one的增强版，依次输出：etotal ke temp pe ebond eangle edihed eimp evdwl ecol elong press，分别为总能量，动能，温度，势能，键能，键角能，二面角能，非常规势能，范德华力势能，库伦势能，长程势能和压强。

custom是最普遍的设置，它允许用户根据自己的需要定制热力学量的输出，不仅可以输出常规的体系的势能，温度和压强，实时计算效率，还可以输出用户自己定义的关于体系的变量，例如某些compute和fix命令的计算结果。具体可以输出的量大家可以参照官方manual文件，这里不再赘述。

thermo_style解决了输出哪些量的问题，那么怎么输出这些热力学量可以利用thermo_modify命令进行设置。

thermo_modify命令

语法

thermo_modify keyword value

keyword给出在热力学量输出时需要设置的具体选项，包括lost, lost/bond, norm, flush, line, format, temp, press

value 对不同的选项设置不同的参数。

举例

thermo_modify lost ignore flush yes
thermo_modify temp myTemp format 3 %15.8g
thermo_modify temp myTemp format line "%ld %g %g %15.8g"
thermo_modify line multi format float %g

说明

该命令设置了热力学信息计算和输出的选项。thermo_modify只对它前一个thermo_style起作用。

lost关键字可以使LAMMPS在计算热力学量的时候忽略体系中的原子丢失，尤其是对于非周期性边界条件，如果原子以一定速度越过边界，那么体系中的粒子就会减少，此时如果没有使用该命令忽略该粒子，程序就会报错。

lost/bond与lost类似，不同的是lost/bond命令用于忽略处于键合作用原子的丢失。

norm命令用于控制热力学量中的势能，动能等可扩展量是按照总量输出还是平均到每个原子输出。但是，对于温度，压强这些量是不可扩展量，不能按照每个原子的平均输出。

flush命令用于保证log文件中的信息是当前的，也就是这些信息不会在操作系统的缓冲中暂留。

line命令用于当thermo_style命令定制的量很多时，为了方便阅读可以设置一行输出或每行三个量输出。

format用于控制热力学量数值的输出格式，例如数值宽度，有效数字和小数位数等。

temp和press用于改变热力学量中温度和压强的输出的默认设置。默认的，如果thermo_style中存在temp和press的输出，LAMMPS会默认输出整个系统的温度和压强，如果希望修改LAMMPS默认输出的温度和压强，可以利用该命令将temp和press修改为用户自己计算的compute的值。

本文主要介绍了log, dump, thermo, thermo_style, 和thermo_modify命令，关于这些命令中参数的具体选择，在学习过程中可以更多地参考官方manual文件，多加实践就可以熟练使用。值得注意的，LAMMPS可以输出文件的命令当然不只这些，LAMMPS也可以使用print，fix ave/time等命令对计算量进行输出，这些命令可以更灵活的用于结果的获取和程序的调试。

扫码关注我们

分子模拟学习

微信号 : zhd-wb