[lammps教程]OVITO输出RDF

近期,许多小伙伴咨询小编如何进行径向分布函数分析,如湖南大学材料科学与工程学院刘海蓉老师课题组发表在物理学报的一文:《冷速对液态金属Mg凝固过程中微观结构演变的影响》中,通过对金属Mg在不同温度下的径向分布函数(RDF)分析,表征液态金属Mg凝固过程的结构演变,如下图文中的液态金属 Mg 在不同冷却速度下凝固的双体分布函数 g(r) 曲线:

图参考自:吴博强,刘海蓉,刘让苏. 冷速对液态金属Mg凝固过程中微观 结构演变的影响. 物理学报,2017.

  小编之前出过一期利用命令输出RDF数据的教程,见历史图文消息:lammps输出RDF

  本文将介绍如何利用OVITO软件输出RDF曲线及数据

1.具体步骤

 1.导入dump文件

    在OVITO软件中导入我们的结果dump文件

2.Add modification--Coordination analysis

     (可以提前选择需要输出RDF的原子) 

3. 此时可以看见在右下角的窗口中已经显示了Radial distribution function 曲线

4.勾选Compute partial RDFs,输出双体分布函数或者只输出已选择的原子的RDF(小编这里只有一种原子)

5.但OVITO生成的RDF曲线图效果并不是很好,我们可以保存RDF数据,利用绘图软件重新绘制,点击图像窗口下方的Data Tables

  

6.点击数据按钮,就可以看见当前帧的RDF数据了

7.可以直接复制表里的数据也可以将表中数据保存为文本文件,就可以用数据重新画图了。

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LAMMPS中,计算RDF需要使用以下几个命令: 1. `compute`: 该命令用于计算原子的属性,如距离、角度、能量等。在计算RDF时,需要使用`compute rdf`命令计算原子之间的距离分布。 2. `fix`: 该命令用于在模拟中添加额外的计算和限制。在计算RDF时,需要使用`fix ave/time`命令将计算出的RDF数据输出到文件中。 3. `dump`: 该命令用于将模拟过程中的数据输出到文件中。在计算RDF时,你可以使用`dump`命令将原子坐标输出到文件中,以便后续的分析。 下面是一些常见的与计算RDF有关的LAMMPS命令的解释: 1. `compute rdf`: 该命令用于计算阴阳离子质心之间的径向分布函数。该命令需要指定计算的原子类型、RDF的半径范围和步长等参数。例如: ``` compute rdf all rdf 100 0 10 1 2 ``` 上述命令将计算所有原子类型之间的RDF,半径范围为0到10,步长为0.1,计算两种原子类型之间的RDF(类型1和类型2)。 2. `fix ave/time`: 该命令用于计算平均值和时间平均值。在计算RDF时,该命令用于将计算出的RDF数据输出到文件中。例如: ``` fix rdf all ave/time 1 10 1000 c_rdf[*] file rdf.dat mode vector ``` 上述命令将计算每1个时间步长内的RDF平均值,并在每10个时间步长后进行一次输出输出文件名为`rdf.dat`,输出模式为向量。 3. `dump atom`: 该命令用于将原子坐标输出到文件中。在计算RDF时,你可以使用该命令将原子坐标输出到文件中,以便后续的分析。例如: ``` dump 1 all atom 100 dump.xyz ``` 上述命令将每100个时间步长将原子坐标输出到文件`dump.xyz`中。

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