在进行fq文件与参考基因组进行比对时,明明我已经通过 bwa index建好了参考基因组的五个索引文件,但是运行bwa mem时,老是显示找不到index文件fail to locate the index file。
最终在一篇外网的解答中找到了答案
“无论如何,索引文件名都是从FASTA引用文件派生的。因此,您需要在后续命令中调整索引文件名”也就是说bwa比对时的指定的index必须要有一致的前缀名并放在同一个文件夹中,并且指定前缀名!
如上图,我将它们放在一个文件夹中,前缀都改成了和原fa文件一致的前缀名,在进行bwa比对时候,参考基因组的位置就该写.../data/Homo_sapiens_assembly38(文件夹名)/Homo_sapiens_assembly38(前缀名)
运行成功,开始比对!