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文章目录一、处理数据处理Chip-seq数据，得到fasta数据1、取Chip-seq片段长度4002、得到输入文件（.fa）二、数据放入软件1、输入MEME-ChIP数据：2、在邮箱中点开链接，得到的结果：3、得到位置权重矩阵：
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原创 linux中查看文件
1、headhead -n 10 test.log 查询日志文件中的头10行日志; head -n -10 test.log 查询日志文件除了最后10行的其他所有日志; head -n 10 test.log 查询日志文件中的头10行日志;head -n -10 test.log 查询日志文件除了最后10行的其他所有日志;2、sed只查看文件的第5行到第10行sed -n '5,10p' filename按照时间段sed -n '/2014-12-17 16:17:20
2021-07-21 15:23:51
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原创 ubuntu中文输入法
安装中文输入法sudo apt-get install ibus-pinyin卸载中文输入法sudo apt-get autoremove ibus-pinyin
2021-07-20 09:09:48
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原创 ubuntu虚拟机使用笔记——9、vmware卸载，重新安装ubuntu，重安后不能共享文件
vm已经安装了vm tools，但还是不能和windows共享文件，也有open-vm-tools，于是我以为是因为重装导致的，可能是之前的文件没有删干净，下面是我的一些操作步骤一、安装了CCleaner（免费版）安装CCleaner是为了清理的更干净，如果以后操作大型计算机也遇到了类似的卸载不干净问题，很难格式化，可以用这个软件清理的干净一点。视频讲解特别棒，大家一看就懂了：https://zhuanlan.zhihu.com/p/76032202先扫描问题点击查看选定问题，先备份一下多
2021-07-16 11:36:17
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原创 数据原理——2、ChIA-PET
一、背景介绍利用成对末端标记序列（ChIA-PET）进行染色质相互作用分析是一种将功能染色质结构转化为数百万个短标记序列的方法配对末端标签测序ChIA-PET技术应用了PET测序技术的基本原理。PET测序技术的独特之处在于构建配对末端测序模板。从目的DNA片段两个末端提取短标签并将它们配对构成一个PET，对PET进行高通量测序，利用标签序列定位目的DNA片段在基因组中的位置。为了获得短标签，将目的DNA片段两个末端分别与设计好的半连接子(linker)相连。半连接子为具有MmeI限制性内切酶识别位点的
2021-07-10 13:00:15
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原创 ChIA-PET2报错系列——第六、七步报错
bwa_wrap hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq 1 OUTdir3/index-1_2.valid.sam 1Running BWA on trimmed reads ...bwa aln -t 1 hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq > OUTdir3/index-1_2.valid.fastq.sai; bwa samse hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq.sai O
2021-06-19 12:00:05
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原创 miso问题2
#### MISO into SQL database interface##import osimport sysimport timeimport zipfileimport sqlite3import shutilimport fnmatchimport globimport StringIOimport misopyimport misopy.misc_utils as misc_utilsimport misopy.miso_utils as miso_...
2021-06-17 10:19:04
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原创 配置系统自带python
1、安装python和yum系统版本：CentOS Linux release 7.3.1611 (Core)一定要选对应自己系统版本的文件！！ http://vault.centos.org/，进入网站，选择自己系统对应的版本，进入OS文件夹 选择系统对应的位数，32位选i386，64位选择x86_64进入Packages文件夹，进去之后你会看到很多rpm文件下载如下文件：python-2.6.6-66.el6_8.x86_64.rpmpython-devel-2.6.6-66
2021-06-15 15:54:26
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原创 miso 报错
(base) [root@node01 gaoj]# misoTraceback (most recent call last): File "/usr/bin/miso", line 5, in <module> from pkg_resources import load_entry_pointImportError: No module named pkg_resources(base) [root@node01 gaoj]# pip install pkg_resour
2021-06-15 10:20:31
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原创 数据原理——1、ChIP-seq
一、chip-seq（研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法）一个染色质1、调控染色质形态：组蛋白修饰、染色质重塑、DNA甲基化2、作用机制1、用交联剂，把与DNA互作的蛋白固定住，防止在两到三天的实验中，从染色质上脱落2、用抗体识别并结合染色质上的靶蛋白3、纯化富集靶蛋白4、靶蛋白脱离下来5、解交联，使蛋白和DNA分离6、纯化DNA7、得到所有与靶蛋白结合的DNA片段3、三种类型组蛋白：组蛋白、转录因子①组蛋白与DNA的结合是结构性的，结合强度非常大，分度高，是最容易做的蛋白②
2021-06-10 16:26:16
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原创 二、ChIA-PET2——4、在conda虚拟环境安装ChIA-PET2依赖的软件
首先要理解什么是虚拟环境，一个虚拟化，从电脑独立开辟出来的环境。通俗的来讲，虚拟环境就是把一部分内容独立出来，我们把这部分独立出来的东西称作“容器”，在这个容器中，我们可以只安装我们需要的依赖包，各个容器之间互相隔离，互不影响。譬如，本次学习ChIA-PET2需要用到python2.7或者其他python版本，做一个python2.7的虚拟环境，里面只需要安装ChIA-PET2相关包就可以了。我在这里使用了conda，创建了虚拟环境。......
2021-06-09 12:13:45
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原创 系统报错系列——linux下python标红
解决sudo 时赋予当前账户root权限（可以修改系统文件），gedit是一个编辑器，可以换成别的编辑器，如gvimsudo gedit ~/.bashrc第二步：添加到最后即可export PATH=$PATH:/root/anaconda3/bin/condaexport PATH=$PATH:/usr/bin/yum第三步：更新.bashrc文件source ~/.bashrc...
2021-06-09 11:12:42
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原创 ChIA-PET2报错系列——第六步报错
[bwa_aln_core] convert to sequence coordinate... 0.41 sec[bwa_aln_core] refine gapped alignments... 0.07 sec[bwa_aln_core] print alignments... 0.09 sec[bwa_aln_core] 33353877 sequences have been processed.[main] Version: 0.7.17-r1188[main] CMD: bwa sa
2021-06-08 21:31:08
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原创 系统报错系列——安装python2.7（软链接）
下载python2.7版本wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.18/Python-2.7.18.tgz解压tgz包tar -zxvf Python-2.7.18.tgz把python移到/usr/local下面mv Python-2.7.18.tgz /usr/local删除旧版本的python依赖ll /usr/bin | grep pythonrm -rf /usr/bin/python进入python目录cd /usr/l.
2021-06-08 12:09:58
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原创 系统报错系列——linux下yum不可用
报错 File "/bin/yum", line 30 except KeyboardInterrupt, e: ^ SyntaxError: invalid syntax解决：linux安装python2.71、下载pythonwget https://www.python.org/ftp/python/2.7.16/Python-2.7.16.tgz2、解压、编译安装（依次执行以下5条命令）#tar -zxvf Pytho
2021-06-08 11:42:46
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原创 ChIA-PET2报错系列——第四步报错（macs2报错找不到命令）
1、报错：找不到命令[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile[root@node01 fengyongxian]# which python/usr/local/bin/python[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile[root@node01 fengyongxian]# macs2bash: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/mac
2021-06-02 21:49:32
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原创 ChIA-PET2报错系列——第四步报错（ERROR in running Macs2）
[main] Version: 0.7.17-r1188[main] CMD: bwa samse hg19.fa OUTdir12/index-1_1.valid.fastq.sai OUTdir12/index-1_1.valid.fastq[main] Real time: 397.832 sec; CPU: 379.342 secbwa_wrap hg19.fa OUTdir12/index-1_2.valid.fastq 1 OUTdir12/index-1_2.valid.sam 1Ru
2021-05-29 08:05:10
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原创 chia-pet2
1、什么是ChIA-PET2？能够分析不同类型的ChIA-PET数据从原始的测序读段，形成染色质互作环（chromatin loops）的有效便捷的工具ChIA-PET2整合了ChIA-PET数据分析的所有步骤，包括linker trimming，read alignment，duplicate removal，peak calling和chromatin loop calling2、流程3、命令ChIA-PET2 -g genomeindex -b bedtoolsgenome -f fq1
2021-05-24 16:27:06
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原创 二、ChIA-PET2——3、输入数据及报错
一、构建bwa的基因组索引文件1、一步到位下载hg19基因组文件wget -c ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/hg19/ucsc.hg19*放入服务器bwa index [ –p prefix ] [ –a algoType ] <in.db.fasta>#官网提供的命令bwa index -a bwtsw hg19.fa#实际操作最后生成文件：hg19.fa.amb、hg19.fa.ann、hg
2021-05-23 20:02:06
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原创 ChIA-PET2报错系列——ChIA-PET2调用不了
Install ChIA-PET2 in /root/bin/ChIA-PET2_0.9.3 ...(base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [ro
2021-05-20 21:38:24
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原创 二、ChIA-PET2——2、安装R依赖包
一、安装ggplot1、启动R(base) [root@node01 ~]# RR version 3.6.0 (2019-04-26) -- "Planting of a Tree"Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical ComputingPlatform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)R是自由软件，不带任何担保。在某些条件下你可以将其自由散布。用'license()'或'licence
2021-05-19 21:03:22
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原创 ubuntu虚拟机使用笔记——7、服务器安装anaconda配置及使用
一、下载官网：https://docs.anaconda.com/anaconda/install/我下载的是miniconda选择好自己需要的版本，系统平台下载对应的第几版python二、安装1、把安装包，上传到服务器上2、执行安装命令[root@node01 Lighter]# cd /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda[root@node01 miniconda]# bash Miniconda3-latest-Linux-x86
2021-05-18 16:41:07
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原创 二、ChIA-PET2——1、安装依赖的环境
1、安装zlib[fengyongxian@node01 ~]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib[fengyongxian@node01 zlib]$ tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz[fengyongxian@node01 zlib]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib/zlib-1.2.11[fengyongxian@node01 zlib-1.2.11]$ ./configure[f
2021-05-18 16:05:58
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原创 ubuntu虚拟机使用笔记——8、生信分析包
1、安装zlibsudo apt install zlib1g-dev2、安装bedtoolssudo apt-get install bedtools
2021-05-17 21:56:06
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原创 ubuntu虚拟机使用笔记——6、软件包的五种方法
1、 apt 安装方法(最好用)ubuntu 默认的软件管理系统是apt。apt-get 的基本软件安装命令是:sudo apt-get install <package_name>2、 yum 安装方法yum 是一个在 Fedora 和 RedHat 以及 SUSE 中的 Shell 前端软件包管理器。也可以安装在 ubuntu 上。yum install <package_name>3、tar.gz 软件包的安装（每个步骤都有报错的可能）1）解压tar.gz包
2021-05-17 20:50:14
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转载 ubuntu虚拟机使用笔记——5、vim保存并退出
如果是vi，则：Esc 退出编辑模式，输入以下命令：:wq 保存后退出vi，若为 :wq! 则为强制储存后退出（常用）:w 保存但不退出（常用）:w! 若文件属性为『只读』时，强制写入该档案:q 离开 vi （常用）:q! 若曾修改过档案，又不想储存，使用 ! 为强制离开不储存档案。:e! 将档案还原到最原始的状态！...
2021-05-17 17:44:16
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原创 ubuntu虚拟机使用笔记——4、安装VMware Tools
1、点虚拟机-安装VMware Tools2、下载完成后将压缩包放到home路径下，我放到了下载3、在此路径下打开终端，开始解压复制下来压缩包名字tar -zxvf VMwareTools-10.3.22-15902021.tar.gzsudo ./vmware-install.pl4、执行时，有【yes】，就输入yes这个过程中有很多的yes和回车，直到看到enjoy提示【enjoy】，表示已完成。5、安装完成后运行下面的命令重新启动虚拟机：sudo reboot就可以使
2021-05-17 16:48:04
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原创 ubuntu虚拟机使用笔记——2、更改ubuntu镜像源
1. 打开“软件和更新”设备2、选择 Ubuntu软件中源代码选中国镜像源，我选的aliyun3、建议新手不要用代码改镜像源原因：> https://www.jianshu.com/p/432b4698e30a
2021-05-13 21:22:30
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原创 ubuntu虚拟机使用笔记——1.更新ubuntu软件
一、用命令更新与升级sudo apt-get updatesudo apt-get upgrade二、命令中涉及的知识：1、sudo：允许系统管理员让普通用户执行一些或者全部的root命令的一个工具2、apt-get：对于安装、卸载、升级软件提供一条龙服务，比源码安装更方便①源码安装：有出现莫名其妙问题的隐患./configuremakemake install ②apt-get指令安装：更方便sudo apt-get install XXXsudo apt-get
2021-05-13 17:08:11
1534
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