viola_的博客

文章目录一、处理数据处理Chip-seq数据，得到fasta数据1、取Chip-seq片段长度4002、得到输入文件（.fa）二、数据放入软件1、输入MEME-ChIP数据：2、在邮箱中点开链接，得到的结果：3、得到位置权重矩阵：![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/9ecdb9d6495743989ec4db100920760e.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZHJvaWRzYW5zZmFsbGJhY2s,shad

报错原因：没在sun conda环境下跑

1、headhead -n 10 test.log 查询日志文件中的头10行日志; head -n -10 test.log 查询日志文件除了最后10行的其他所有日志; head -n 10 test.log 查询日志文件中的头10行日志;head -n -10 test.log 查询日志文件除了最后10行的其他所有日志;2、sed只查看文件的第5行到第10行sed -n '5,10p' filename按照时间段sed -n '/2014-12-17 16:17:20

安装中文输入法sudo apt-get install ibus-pinyin卸载中文输入法sudo apt-get autoremove ibus-pinyin

vm已经安装了vm tools，但还是不能和windows共享文件，也有open-vm-tools，于是我以为是因为重装导致的，可能是之前的文件没有删干净，下面是我的一些操作步骤一、安装了CCleaner（免费版）安装CCleaner是为了清理的更干净，如果以后操作大型计算机也遇到了类似的卸载不干净问题，很难格式化，可以用这个软件清理的干净一点。视频讲解特别棒，大家一看就懂了：https://zhuanlan.zhihu.com/p/76032202先扫描问题点击查看选定问题，先备份一下多

一、背景介绍利用成对末端标记序列（ChIA-PET）进行染色质相互作用分析是一种将功能染色质结构转化为数百万个短标记序列的方法配对末端标签测序ChIA-PET技术应用了PET测序技术的基本原理。PET测序技术的独特之处在于构建配对末端测序模板。从目的DNA片段两个末端提取短标签并将它们配对构成一个PET，对PET进行高通量测序，利用标签序列定位目的DNA片段在基因组中的位置。为了获得短标签，将目的DNA片段两个末端分别与设计好的半连接子(linker)相连。半连接子为具有MmeI限制性内切酶识别位点的

bwa_wrap hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq 1 OUTdir3/index-1_2.valid.sam 1Running BWA on trimmed reads ...bwa aln -t 1 hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq > OUTdir3/index-1_2.valid.fastq.sai; bwa samse hg19.fa OUTdir3/index-1_2.valid.fastq.sai O

#### MISO into SQL database interface##import osimport sysimport timeimport zipfileimport sqlite3import shutilimport fnmatchimport globimport StringIOimport misopyimport misopy.misc_utils as misc_utilsimport misopy.miso_utils as miso_...

1、安装python和yum系统版本：CentOS Linux release 7.3.1611 (Core)一定要选对应自己系统版本的文件！！ http://vault.centos.org/，进入网站，选择自己系统对应的版本，进入OS文件夹　　选择系统对应的位数，32位选i386，64位选择x86_64进入Packages文件夹，进去之后你会看到很多rpm文件下载如下文件：python-2.6.6-66.el6_8.x86_64.rpmpython-devel-2.6.6-66

(base) [root@node01 gaoj]# misoTraceback (most recent call last): File "/usr/bin/miso", line 5, in <module> from pkg_resources import load_entry_pointImportError: No module named pkg_resources(base) [root@node01 gaoj]# pip install pkg_resour

一、chip-seq（研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法）一个染色质1、调控染色质形态：组蛋白修饰、染色质重塑、DNA甲基化2、作用机制1、用交联剂，把与DNA互作的蛋白固定住，防止在两到三天的实验中，从染色质上脱落2、用抗体识别并结合染色质上的靶蛋白3、纯化富集靶蛋白4、靶蛋白脱离下来5、解交联，使蛋白和DNA分离6、纯化DNA7、得到所有与靶蛋白结合的DNA片段3、三种类型组蛋白：组蛋白、转录因子①组蛋白与DNA的结合是结构性的，结合强度非常大，分度高，是最容易做的蛋白②

首先要理解什么是虚拟环境，一个虚拟化，从电脑独立开辟出来的环境。通俗的来讲，虚拟环境就是把一部分内容独立出来，我们把这部分独立出来的东西称作“容器”，在这个容器中，我们可以只安装我们需要的依赖包，各个容器之间互相隔离，互不影响。譬如，本次学习ChIA-PET2需要用到python2.7或者其他python版本，做一个python2.7的虚拟环境，里面只需要安装ChIA-PET2相关包就可以了。我在这里使用了conda，创建了虚拟环境。......

[bwa_aln_core] convert to sequence coordinate... 0.41 sec[bwa_aln_core] refine gapped alignments... 0.07 sec[bwa_aln_core] print alignments... 0.09 sec[bwa_aln_core] 33353877 sequences have been processed.[main] Version: 0.7.17-r1188[main] CMD: bwa sa

解决sudo 时赋予当前账户root权限（可以修改系统文件），gedit是一个编辑器，可以换成别的编辑器，如gvimsudo gedit ~/.bashrc第二步：添加到最后即可export PATH=$PATH:/root/anaconda3/bin/condaexport PATH=$PATH:/usr/bin/yum第三步：更新.bashrc文件source ~/.bashrc...

报错 File "/bin/yum", line 30 except KeyboardInterrupt, e: ^ SyntaxError: invalid syntax解决：linux安装python2.71、下载pythonwget https://www.python.org/ftp/python/2.7.16/Python-2.7.16.tgz2、解压、编译安装（依次执行以下5条命令）#tar -zxvf Pytho

1、报错：找不到命令[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile[root@node01 fengyongxian]# which python/usr/local/bin/python[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile[root@node01 fengyongxian]# macs2bash: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/mac

下载python2.7版本wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.18/Python-2.7.18.tgz解压tgz包tar -zxvf Python-2.7.18.tgz把python移到/usr/local下面mv Python-2.7.18.tgz /usr/local删除旧版本的python依赖ll /usr/bin | grep pythonrm -rf /usr/bin/python进入python目录cd /usr/l.