ERROR: Failed to run the VEP annotator

VEP 的注释结果拿到了 vcf 文件，也可以转成 maf 文件，不过要用到一个软件，叫 vcf2maf，我在运行vcf2maf脚本时，遇到了ERROR: Failed to run the VEP annotator! 报错。

遇到了不少报错，尝试了很多方法，包括不限于：

1. 将wget解压安装改为conda安装
2. 修改vep、perl、vcf2maf的版本，使其一致
3. 按照GitHub说明修改vcf2maf.pl文件，删除--no-stats
4. sigularity拉取docker镜像
5. 更换conda环境名，避免和vep冲突
6. 重置libcrypto.so.1.0.0的共享链接
7. 清空文件夹内产生的旧空文件
8. cpan更新 Compress::Raw::Zlib

这些最终还是没有解决。最后，我查看vcf2maf --help

 

发现了--vep-data参数，因此我在我的代码中加入了--vep-data 以及之前vep注释时候用到的cache的路径，成功解决。

另外，在我不断试错中，也总结了一些vep使用过程中的血泪教训，如果大家有其他报错，不妨以写这几个方面先排查一下。

①vcf2maf依赖vep，运行vcf2maf时环境内必须已经安装好vep

②--vep-path是写到vep的上一级（一般是bin）

③不同的vep版本，cache的路径参数也不同，如103是dir_cache,111是dir

④vep安装依赖性很强，建议使用conda安装，且注意版本