rogerzhanglijie的专栏

原创 mysql安装过程中出现错误 ERROR 1820 (HY000): You must SET PASSWORD before executing this statement

最近新装好的mysql在进入mysql工具时，总是有错误提示:# mysql -u root -pEnter password:ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)或者# mysql -u root -p password 'newpassword'

原创 Linux中的shell编程

shell变量      1：两类变量：临时变量和永久变量           临时变量是shell程序内部定义的，适用范围仅限于程序内部，对其他程序不可见。包括：用户自定义变量，位置变量。永久变量是环境变量，其值不随shell脚本的执行结束而消失。      2：用户自定义变量要以字母或下划线开头，由字母，数字，下划线组成。在使用变量时，要在变量前面加"$"符号。      3：

原创 Linux中利用crontab创建计划任务

在linux中启动crontab服务：/etc/init.d/crond  startcrontab的命令格式crontab -l   显示当前的crontab 文件（默认编写的crontab文件会保存在 (/var/spool/cron/用户名   例如: /var/spool/cron/roger)crontab -r 删除当前的crontab (谨慎使用此方法，因为将会把

原创 台式机共享笔记本的无线网络（只需要一根网线）

以windowsXP系统为例一、笔记本的设置方法：1.先将笔记本的无线连接共享给有线网卡将鼠标放到桌面的网上邻居上，按鼠标右键，选属性，再将鼠标放到无线连接上，又是按鼠标右键，选属性，在弹出的窗口里，点击顶部的高级，在允许其他网络用户通过此计算机的Internet连接来连接(N)前面打勾，再打开家庭网络连接(H):下面的下拉式菜单，选择本地连接，然后确定。2.记录无线网卡的信息，便

原创 Linux 启动的流程

原创 Adaptively biased MD,steered MD, and umbrella sampling with REMD

Adaptively Biased Molecular Dynamics (ABMD)Reaction Coordinatesvariable 部分用于定义反应的坐标,这部分必须包含一个关键字"type",以及一个STRING值，以及一系列的整数（整数的数量取决于变量的类型）,对于一些反应坐标的类型, Variable部分的必须包含一系列的实数值,r, r的长度取决于具体的类型。现

原创 Amber中的NMR restraint中的一些参数的设置的意义

在对结构中的对距离角度，二面角，距离等加入限制时需要首先在输入文件中加入一些参数来应用这些限制.DISANG="限制文件的路径"          nmropt 参数值设置为大于0时，应用限制文件中的限制。 当设置pencut这个参数为负数时，所有的限制将会被打印出来.参数列表"&rst"包含下面的参数。如果你想只包含重量的变化但是没有内部的限制,设置nmropt=1这个参数值. &r

原创 加限制的最小化的文件

图片中参数的解释：ntx选项用于从"inpcrd"文件中读取初始的坐标，速度和盒子信息。如果从最小化或者构建模型坐标的过程开始，则需要选择的参数值为1或者2.如果使用MD中的重新开始的文件（通常的命名规则为.rst结尾的文件), 则需要使用的参数值为4-7. 只有选项值1和5为经常使用的选项值.ntx=1，在读取轨迹文件的时候不读取轨迹文件中的速度的内容ntx=5, 以格式化的形式读取

原创 3NSS四聚体水盒子中相对应的氨基酸以及侧链的残基序号

A链：  NLN-> 65         4YB->1549      4YB-> 1550      VMA-> 1551    YMA->1552   B链：  NLN->452        4YB->1559       4YB-> 1560      VMA-> 1561   YMA-> 1562 C链： NLN-> 839        4YB-> 1569