肿瘤NGS生信知识来源-博客、公众号、网站


  这是一篇在OneNote上保存很久的文章,后面会随时补充,也欢迎大家介绍。

视频课:
  先学:生物信息学-山东大学(国家精品课)
  后学:北京大学生物信息学:导论与方法

论坛:生信技能树(可粗略翻看)

1、肿瘤方向生信工程师博客

(1)joyfire 王乐珩 | 有事多Google,没事少上网
  聚道科技前合伙人,IT与BT的交叉,多为工作中思考

(2)生物信息文件夹
  肿瘤NGS检测生信工程师

(3)emanlee-博客园
  持续更新,生信单细胞相关

(4)刘小泽
  生信星球主笔,20年底已转公众号

(5)Life-Intelligence-博客园
  统计、文献、单细胞、基因组装、基因治疗

(6)Enseqlopedia
  立志成为肿瘤NGS百科全书的网站,收集DNA\RNA等测序技术、对新的肿瘤NGS产品、仪器、行业等发表看法

(7)陈连福的生信博客
  陈连福,前华大员工,在武汉从事生信培训

(8)xuzhougeng-简书
  徐洲更,生信技能树早期成员

(9)黄树嘉-知乎
  广州妇幼基因中心,在华大发过母婴的大队列挖掘Cell文章

(10)SAM’ NOTE | 专注生物信息,专注转化医学
  转化医学大神,坚持博客N年

(11)全基因组测序数据获取后应该怎么分析?
  直播我的基因组分析-曾健明

(12)David Chen
  陈巍学基因,NGS实验原理

(13)dna-ghost
  生信科研经理 晏成

 

2、肿瘤NGS相关公众号

(1)基因talks

基因talk
  捕捉近期NGS热点新闻、文献、会议、产品等信息,用易懂的语言二次传播。

(2)医学观察
医学观察
  更新频率频发且稳定,聚合类公众号

(3)有趣的胖子万里挑一
有趣的胖子万里挑一
  至本前员工,对肿瘤市场行情,企业发展非常透彻

(4)生信开发者
生信开发者  博圣生物大佬

(5)忠言逆耳乎
忠言逆耳乎
  医检所相关大佬,分享行业内故事

 

3、肿瘤NGS相关咨询网站

(1)基因慧 | 数字生命健康服务
  基因测序行业的新闻聚合网站

(2)小桔灯网-体外诊断连接者
  分子诊断大类的新闻聚合网站

(3)测序中国
  与基因慧互为补充,NGS领域最新研究成果、文章

 

4、编程基础信息来源

(1)基因学苑
基因学苑
  从事生信基础知识培训,原华大员工

(2)生信星球
生信星球
  分享生信基础知识,也做技术培训,偏肿瘤相关

 

5、其他值得推荐的

(1)微信公众号
  生信技能树、生信菜鸟团、YuLabSMU、生信宝典、生信人、碱基矿工、生信药丸

(2)科普作家 李治中(菠萝因子)
  作品:《癌症·真相:医生也在读》,代表作品有《癌症·新知:科学终结恐慌》《深呼吸:菠萝解密肺癌》《她说:菠萝解密乳腺癌》

 

6、主流肿瘤NGS基因测序公司

  国内和国外大致相同,以我的观点主要分三个业务板块,医疗器械(测序仪、试剂盒、IVD等)、临检服务(个性化用药指导、复发监测、遗传性基因风险检测)、早筛(PCR、NGS+甲基化等不同方向)
(1)综合类
华大基因燃石医学泛生子世和基因

(2)偏临检类
至本医疗基因加科技臻和求臻

(3)早筛类
  PCR方向(IVD产品):诺辉健康康立明生物

  NGS+甲基化方向:鹍远和瑞基因

(4) 国外的优秀同行
foundationmedicine 用药指导,复发检测
illumina 综合
grail 早筛

 

7、其他信息来源

  B站视频、公众号,知乎,简书,CSDN,biostar论坛、专业书都有大量的学习资料,主要是适合自己。
(1)维基百科
  学习基础概念,寻找PPT插图

(2)各种期刊、文献
  ①《Nature Protocols》:
  protocols提供了完整数据分析流程,可以用来学习如何分析数据,想要做某个分析,可以找这种文献。

  ②《Nature Reviews xxx》
  常系统的介绍一个领域的近端时间的发展情况,比如生物信息中某个领域近期的一些成果 ,新发软件,数据库都有系统的介绍。而且Reviews也会指出每一项技术的优缺点,做横向的比较,常常会给出一个表格,方便比较各种技术。PPT插图重要来源。

  ③《Nature Medicine》
  肿瘤NGS相关研究经常发表在上面。

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Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/blast.pl [options] BLAST_DB file.fasta > out.txt --tmp-prefix default: blast 设置临时文件或文件夹前缀。默认设置下,程序生成command.blast.list,blast.tmp/等临时文件或目录。 --chunk default: 10 设置每个数据块的序列条数。程序会将输入FASTA文件中的序列从前往后分割成多份,每10条相邻的序列分配到一个FASTA文件中;在blast.tmp/临时文件夹下生成次级文件夹,每个文件夹做多放置10个FASTA文件;每个fasta文件写出一条BLAST命令到command.blast.list文件中;然后程序调用ParaFly进行并行化计算。 请注意:若数据块的数量超过100万个,默认设置下blast.tmp/文件夹中的目录数量太多(超过1万个),导致文件系统运行缓慢,ParaFly程序运行效率低下,无法充分利用服务器计算资源。此时推荐设置--chunk参数值为100。 --blast-program default: blastp 设置运行的BLAST命令,支持的命令有:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx。 --CPU default: 1 设置并行运行的BLAST程序个数。 --blast-threads default: 1 设置BLAST命令的-num_threads参数值。该参数让每个BLAST命令可以多线程运行。 请注意:--blast-threads参数值和--CPU参数值的乘积不要超过服务器的CPU总计算线程数。 --evalue default: 1e-3 设置BLAST命令的-evalue参数值。 --outfmt default: 5 设置BLAST命令的-outfmt参数值。输出方式。若为5,则输出xml格式结果,若为6或7,则输出表格结果。 --max-target-seqs default: 20 设置BLAST命令的-max_target_seqs参数值。该参数设置BLAST最多能匹配数据库中的序列数量。 -clean 若添加该参数,则在运行程序成功后,会删除临时文件或文件夹。
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