生信小白学习日记Day2——NGS基础 illumina高通量测序原理

2019年5月26日，周日，小雨
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NGS基础——高通量测序原理

本文介绍了测序文库构建原理、链特异性文库构建方式和识别方法、测序簇生成过程、双端测序过程、测序接头产生、PCR duplicate、测序通量选择标准等。原文都是一张张PPT，截图下来之后，附一些自己理解的注释吧
以目前最常用的illumina测序为例，其最基本的原理是利用可逆终止的、荧光标记的dNTP进行边合成边测序

• 第一步，将DNA随机打断为短片段
  
• 第二步，序列两端添加接头
  
  添加接头的目的是使得片段与flow cell上锚定的寡核苷酸序列相结合，进行下一步的链扩增和测序。那么flow cell是什么呢？它是流动池，就像可以流动各种液体的小池子，以Hiseq2500为例，它有2张flowcell，每张flowcell有8条通道，我们称为8个lane，常规的PE150测序1条lane产生的有效数据在120Gb以上，很少有一个样品需要测这么大的数据量，因此在测序时需要将多个文库样品混在同1条lane中，为了能够把测序数据按样本分离，在构建文库的时候，需要用不同index（标签序列）也有人称为barcode对文库进行标记。
  初此之外，接头还包括PE和SE测序的引物，它们是双端测序时所用的两条引物，以及P5和P7，它们是flow cell上的共价连接的接头，可以分别于片段的两条单链结合，使得片段被固定在flow cel