NGS项目六：R语言与Bioconductor分析affymetrix芯片

6.1 数据输入与预处理

从数据包CLL中载入芯片数据，完成预处理

在bioConductor使用RMA算法预处理基因芯片原始数据。首先，去http://www.affymetrix.com/support/technical/sample_data/demo_data.affx下载一些示例数据文件下来。这里，使用Arabidopsis-AGAGCC数据示例。我们先把下载下来的文件解压后拷贝ArabidopsisATH1-121502.CEL文件至R工作文件夹（R的工作目录）下。

6.2 质量控制

为了验证杂交的质量，Affymetrix公司还加入了两类嵌入探针组（Spike-inprobesets）：一类是poly-A内参，另一类师杂交内参。