GEO : Affymetrix CEL文件 CDF文件 R语言处理方法

最新推荐文章于 2024-11-28 16:45:35 发布

HUGEHEADHUGE

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分类专栏： bioinformatics 文章标签：语言 fold 数据库 arrays filter 生物

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本文介绍了如何使用R语言处理Affymetrix CEL和CDF文件进行生物信息学分析，包括利用exonmap和affy包进行数据读取、转换，以及差异表达探针筛选和探针过滤。同时提到了X:MAP数据库在探针、外显子、基因和转录产物转换中的应用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

我竟然开始在csdn上贴生物文章了，我还真是个银才

背景介绍：
1）Affymetrix：
     Affymetrix的探针（proble）一般是长为25碱基的寡聚核苷酸；探针总是以perfect match 和mismatch成对出现，其信号值称为PM和MM，成对的perfect match 和mismatch有一个共同的affyID。
     CEL文件：信号值和定位信息。
     CDF文件：探针对在芯片上的定位信息
      Affymetrix exon array ：Affymetrix的外显子芯片
2）exonmap包：
      用来分析Affymetrix的外显子芯片（需要用到affy包）。(http://www.bioconductor.org/packages/2.0/bioc/html/exonmap.html；http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/exonmap/html/00Index.html）
3) affy包：
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