GEO : Affymetrix CEL文件 CDF文件 R语言处理方法

最新推荐文章于 2024-09-15 12:13:20 发布
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分类专栏： bioinformatics 文章标签： 语言 fold 数据库 arrays filter 生物
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本文链接：https://blog.csdn.net/HUGEHEADHUGE/article/details/6437924
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本文介绍了如何使用R语言处理Affymetrix CEL和CDF文件进行生物信息学分析，包括利用exonmap和affy包进行数据读取、转换，以及差异表达探针筛选和探针过滤。同时提到了X:MAP数据库在探针、外显子、基因和转录产物转换中的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我竟然开始在csdn上贴生物文章了，我还真是个银才

背景介绍：
1）Affymetrix：
     Affymetrix的探针（proble）一般是长为25碱基的寡聚核苷酸；探针总是以perfect match 和mismatch成对出现，其信号值称为PM和MM，成对的perfect match 和mismatch有一个共同的affyID。
     CEL文件：信号值和定位信息。
     CDF文件：探针对在芯片上的定位信息
      Affymetrix exon array ：Affymetrix的外显子芯片
2）exonmap包：
      用来分析Affymetrix的外显子芯片（需要用到affy包）。(http://www.bioconductor.org/packages/2.0/bioc/html/exonmap.html；http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/exonmap/html/00Index.html）
3) af

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使用R语言整理GEO数据的简易教程
Mrrunsen的博客
07-19 2581
本教程介绍了使用R语言从GEO数据库下载数据并进行数据整理的基本步骤。根据实际研究问题，你可能需要进行更复杂的数据处理和分析。R语言作为一种强大的生物信息学工具，为GEO数据的整理、分析和可视化提供了丰富的功能和工具。希望这个教程能够帮助你入门GEO数据整理和R语言的应用。如果你在使用过程中遇到问题，或需要进一步的指导，请随时向我询问。祝你在GEO数据分析的旅程中取得成功！
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AffyCelFiles:读取Affymetrix .CEL文件
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【GEO Database - 1】用Bionconductor的affy包处理.cel文件
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merge r语言daframe_使用R语言包处理芯片cel格式数据 全自动R代码
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处理芯片cel格式数据的全自动R代码
blacklee123的专栏
01-10 9760
>source(”http://bioconductor.org/biocLite.R”) >biocLite() 全自动。只需要设置工作路径以及filelist.txt文件即可。 filelist.txt，必须与CEL文件一起放置在工作目录内，文件以空格为间隔，分两列，分别是filename和factor 例 filename factor MS1_(Mouse430_
geo cel格式读取_用于将公式导出为ex​​cel和其他格式的新python库
weixin_26755331的博客
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Affymetrix 数据的绝对和比较分析：对 CEL 和 CDF 文件给出的 Affymetrix 数据执行单阵列和比较分析...-matlab开发
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我们尝试在 MATLAB 中复制和有效实施 Affymetrix MAS 5 和 GCOS 1.2 软件的公开可用方法，这些方法对 CEL 和 CDF 文件给出的 Affymetrix 数据执行单阵列和比较分析，并创建相应的 CHP 数据结构： 1. CHP 数据结构是...
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希望我的博客，能帮上你解决学习中工作中所遇到的问题
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cel格式的表达谱芯片数据如何读取？
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欢迎关注”生信修炼手册”!后缀为cel的芯片文件，对应的芯片平台为Affymetrix,针对这一平台的数据，可以通过R包affy来读取，读取时我们需要以下两种文件1. 后缀为cel的探针荧光信号强度文件2. 后缀为cdf的探针布局文件cel文件是芯片扫描之后的原始数据文件，而cdf文件是每个芯片平台对应的文件，cdf格式的详细解释可以参考如下链接https://medi...
R语言读取EXCEL文件软件包xlsReadWrite
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这是Ｒ语言读取EXCEL文件内容的软件包xlsReadWrite。用Rgui安装程序包方法下载的xlsReadWrite无法正常运行，会出现参数个数大于10个的提示。此资源是从http://dl.dropbox.com/u/2602516/swissrpkg/index.html直接下载的1.5.4版本，其内含可运行的shllib,即xlsReadWrite.dll。下载此资源，并将其解压到R安装目录下的library中，或者用安装本地ZIP程序包功能安装，并加载程序包。 其后运行以下命令： >library(xlsReadWrite) >read.xls(choose.files()) 在文件选择对话框中选择一个EXCEL文件，然后看下结果.....
keil551的芯片包不能用_r语言中使用Bioconductor 分析芯片数据
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R语言 | GEO数据库下载GSE基因芯片 以及表达矩阵和临床信息的提取
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如果只有一个就还好，如果有两个就说明数据是存在于两个平台的，不要遗漏了。最后将数据框输出为csv文件，这个时候如果直接用write.table()函数的话，会造成列名左移的情况，解决办法参见我之前的文章。只能提取该GSE中一个GPL，不注意这点就会遗漏掉另一个GPL的数据。如果你的GSE只有一个GPL，那么从gset中就仅含有一列数据，也就是说。的意思是，从gset这个对象中提取第一列数据。你的GSE只有两个GPL，那么从gset中就有两列数据，运行后，会得到一个叫做“gset”的“对象”。
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系列文章目录 数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合数据(一)挖掘概述 数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合（二）GEO在线工具的应用 数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合（三）GEO数据的下载和数据质量分析 前言 数据需要：之前所下载的原始数据（下载数据时，最好是cel文件） 一、步骤 将下载的原始数据进行解压，并分别建立tumor与normal两个文件夹，将属于tumor或者normal的样本分别拖入文件夹中（cel文件拖入） 打开R的ide
用Bionconductor的affy包处理.cel文件
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在Bioconductor的R环境中，`affy` 包是一个非常常用的工具，用于分析Affymetrix基因芯片数据，尤其是.CEL文件，这是Affymetrix微阵列实验的标准文件格式。下面是使用`affy`处理.CEL文件的一般步骤： 1. **安装并加载必要的库**： 首先需要确保已经安装了`affy`包，如果没有可以运行 `install.packages("affy")`。然后加载该包和其他依赖，如` oligo` 和 `affyio`： ```r library(affy) library(oligo) library(affyio) ``` 2. **读取CEL文件**： 使用 `read.celfiles()` 函数从一个目录路径读取多个.CEL文件，或直接传入单个文件路径： ```r celFiles <- "path/to/your/cel/files" exprSet <- read.celfiles(celFiles) ``` 3. **质量控制（QC）**： 对数据集进行基本的质量检查，例如查看探针和样本的数量： ```r summary(exprSet) ``` 4. **归一化**： 使用 `rma()` 或者 `mas5()` 函数对数据进行表达值归一化，这一步会生成数字低通滤波（normalized expression values）： ```r normalizedExpr <- rma(exprSet) ``` 5. **转换到GeneChip Expression Set（GSE）格式**： 将结果转换成GEO推荐的GSE格式，方便后续的数据存储和共享： ```r gseObject <- cdfInfo(normalizedExpr) gset <- new("ExpressionSet", phenoData = pData(exprSet), exprs = exprs(normalizedExpr), cdf = gseObject) ``` 6. **进一步的分析**： 这里可以进行聚类、差异表达分析、生物信息学注释等。
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