关联分析-我的老本行
samhuairen
这个作者很懒,什么都没留下…
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使用PLINK做GWAS(2)
利用PLINK对单基因控制的性状进行定位,之前一篇文章粗滤的记录了一下使用PLINK的命令,本次博客主要记录一下如何根据SNP芯片的数据制作PLINK的格式,以及分析的步骤,最后数据的可视化。 首先,有的公司给的新片的数据就是一个excel表格,列表示的是样品,行表示的是基因型,基因型用ATCG构成,当然有的基因型是用数字0或者1表示的。下面我拿到的一个数据是15个样品构成的基因型,有13个样品是突变体,2个样品是野生型。 格式如下: 第二步:将此基因型存成csv文件,使用R进行读取,在R中制作pl原创 2020-07-08 11:06:52 · 2270 阅读 · 0 评论 -
GWAS with plink
plink 是做全基因组关联分析非常强大的软件,说明书非常的详细,及时对GWAS不是很了解的人,相信读完该说明书也能学到不少。下边是今天在植物群体中采用极端个体(分为两组)进行关联分析的一般方法。群体还有94个材料,50个是抗病的,44个是感病的,表型记录为1,0。 对该表型主要采用3中方法: (1)卡方检验 (2)卡方检验并有基因组控制 (3)logistic 回归 命令如下: plin原创 2016-03-22 21:43:05 · 5657 阅读 · 0 评论