使用PLINK做GWAS（2）

利用PLINK对单基因控制的性状进行定位，之前一篇文章粗滤的记录了一下使用PLINK的命令，本次博客主要记录一下如何根据SNP芯片的数据制作PLINK的格式，以及分析的步骤，最后数据的可视化。

首先，有的公司给的新片的数据就是一个excel表格，列表示的是样品，行表示的是基因型，基因型用ATCG构成，当然有的基因型是用数字0或者1表示的。下面我拿到的一个数据是15个样品构成的基因型，有13个样品是突变体，2个样品是野生型。 格式如下：

第二步：将此基因型存成csv文件，使用R进行读取，在R中制作plink所需要的两个文件，plink.map 和plink.ped. 其中map文件包含了四列，分别是染色体，SNP名词，遗传位置，SNP物理位置。没有遗传距离的可以全部写成0. ped 文件的包涵了family ID, individual ID, Paternal ID,Maternal ID,Sex (1=male; 2=female; other=unknown),phenotype, 以及每个材料的基因型，每个基因型需要将2个allele 分开写。 对于植物，family ID，Paternal ID,Maternal ID,Sex (1=male; 2=female; other=unknown)都可以在这里不写，表型也可以不写。最后额外写一个文件即可。这个PED文件仅仅写基因型即可。

setwd("~/zzg_chip/")
genotyp