GWAS with plink

plink 是做全基因组关联分析非常强大的软件,说明书非常的详细，即使对GWAS不是很了解的人，相信读完该说明书也能学到不少。下边是在植物群体中采用极端个体（分为两组）进行关联分析的一般方法。群体还有94个材料，50个是抗病的，44个是感病的，表型记录为1,0。
对该表型主要采用3中方法：
（1）卡方检验
（2）卡方检验并有基因组控制
（3）logistic 回归
命令如下：

plink --file F2plink.plk --allow-no-sex  --