利用群体遗传数据估计基因组上重组率

计算所用软件：FastEPRR，需要熟悉和掌握的软件，PLINK，TASSEL， vcftools， Beagle4.1, R

准备工作：
1. 准备输入文件，phased genotype file with VCF format
2. 如何实现 phased genotype file? 假如我们手中的是unphased的 vcf 文件或者hapmap 或者plink 软件格式。
首先准备VCF 格式，可以采用Mega2软件或者TASSEL 进行转化，我的文件是plink 的格式，用TASSEL 转化（这个时候一定要设置最小等位基因频率进行过滤，否则产生的VCF文件有可能报错），如下：

./run_pipeline.pl -fork1 -plink -ped file.ped -map file.map -filterAlign -filterAl