使用EMMAX做GWAS分析

EMMAX是一款非常高效和使用简单的GWAS分析软件，使用者可以进行模型设置，比如一般线性模型和混合线性模型，操作简单，只需要准备几个必须的文件即可。本博客记录本人在使用改软件的一些步骤。由于使用的基因型数据是已经过滤好的数据，我们在此就不在进行数据指控方面的操作；GWAS基因型质控的一款非常强大的软件是PLINK，可以设置多个参数来对样本和SNP进行过滤。使用EMMAX需注意几个方面：（1）基因型数据要求是PLINK的转置格式，在群体结构控制的文件中，需要多加一列1，表示截距值。群体结构控制的文件可以采用STRUCTURE或者ADMIXTURE，PCA软件的输出值，值得注意的是，在用STRUCTURE和ADMIXTURE软件输出的文件中，协变量的要减少最后一个变量，比如STRUCTURE分析后，得到群体的亚群个数是3，那么每个样品对会对应3个相应的系数，以此来表示这个个体属于这三个假定的祖先亚群的概率；3个系数的总和是1；在用这个协变量文件的时候，要删除最后一列，并在文件的第三列写1，表示截距。这样就可以进行EMMAX分析了。

（1） 准备基因型数据，这部分需要在PLINK软件中操作，本分析中，我从916分样本的数据中，提取本项目分析的320个个体的基因型数据，--keep参数后边接需要提取的样品名字，格式如下：-9表示样本的family ID是缺失的，后边的是每个材料的名字。最后输出的是三个带有后缀的文件，如：genotype_millet320.tfam， genotype_millet320.tped，genotype_millet320.map

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