Modkit

Modkit

一个用于处理牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies）修饰碱基的生物信息学工具。特别是用于使用最佳实践将modBAM转换为bedMethyl文件，还可以操作modBAM文件并生成摘要统计数据。详细的文档和快速入门可以在在线文档中找到。

安装

为Linux提供了预编译的二进制文件，可以从发布页面获取。我们建议在大多数情况下使用这些二进制文件。

从源代码构建

建议尽可能使用提供的包。我们理解一些用户可能希望从源代码编译软件。要使用cargo从源代码构建modkit，请执行以下操作：

git clone https://github.com/nanoporetech/modkit.git
cd modkit
cargo install --path .
# 或者
cargo install --git https://github.com/nanoporetech/modkit.git

使用

Modkit 包含一系列用于操作存储在 BAM 文件中的修饰碱基数据的工具。修饰碱基信息存储在 MM 和 ML 标签中（参见 SAM 标签 规范的第1.7节）。这些标签由牛津纳米孔技术公司测序平台的当代碱基调用器生成。

构建 bedMethyl 表格

modkit 的主要用途是创建修饰和未修饰碱基的摘要计数，以扩展的 bedMethyl 格式存储。bedMethyl 文件在每个参考基因组位置上汇总了每个测序读取的碱基修饰计数。

在最简单的形式中，modkit