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Phylogenetics
抓抓抓抓跟Dragon
没搞生信了不好意思
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【Skmer—debug】
skmer 安装源: miniconda3skmer之前跑过,没有出现过问题,但是这两天跑的时候会出现报错:CalledProcessError:Command '['mash','dist','/home/work/xu_project/02.skmer/pdel_5x.msh','library/pte_5x/pte_5x.msh']' returned non-zero exit status 1.【Debug过程】1.上网搜索没有找到有效解决方案,应该是python内的问题。2原创 2020-08-11 16:00:17 · 319 阅读 · 2 评论 -
【PLWS】工作记录 & Bug记录 _ 0608
复工的第3天,按着文献上的软件链接完成了软件安装,输入到环境变量里了,然后重新安装了miniconda。安装完软件进行测试,果不其然还是出了bug,更一篇博客记录一下。step1安装软件列表:step2cd /w/user315/XI_project/02.PLWS/test/datash script1_Genome_assembly.sh pal_hic.5x1.fq.gz pal_hic.5x2.fq.gz第一次跑程序的参数设置:遇到的第一处BUG在script1_原创 2020-06-08 15:31:51 · 396 阅读 · 0 评论 -
分子系统发生学核心期刊及资源数据库整理
分子系统发生学核心学术期刊期刊名称(2018年影响因子) 网站链接Systematic Biology (10.266) academic.oup.com/sysbio#Molecular Phylogenetics and Evolution (3.992) ...原创 2019-09-23 22:31:45 · 563 阅读 · 0 评论 -
R语言学习日记——用phybase包模拟基因树
今天学习了在R里面用phybase模拟基因树,虽然操作不算难,但是安程序包和研究各种参数的意义还是弄了好半天,最后终于也算迈出了学习建树的第一步。小记一下,作为纪念。library(ape)library(phybase)sptree <- "物种树字符串"nodematrix <- read.tree.nodes(sptree)$nodes # read...原创 2019-09-27 21:31:20 · 1495 阅读 · 4 评论 -
使用Seq-Gen模拟DNA序列
01 目的根据基因树文件(.tre),使用Seq-Gen v1.3.3的JC69模型,模拟长度为1000 bp的DNA序列。02 安装Seq-Gen在seq-gen的网站上下载1.33版本的压缩包(Seq-Gen-1.3.3.tar.gz) 解压后移动至source文件夹,输入make指令,则生成二进制文件seq-gen 将seq-gen的路径写入path中,在命令行输入seq...原创 2019-09-30 21:32:03 · 1212 阅读 · 0 评论