skmer 安装源: miniconda3
skmer之前跑过,没有出现过问题,但是这两天跑的时候会出现报错:
CalledProcessError:Command '['mash','dist','/home/work/xu_project/02.skmer/pdel_5x.msh','library/pte_5x/pte_5x.msh']' returned non-zero exit status 1.
【Debug过程】
1.上网搜索没有找到有效解决方案,应该是python内的问题。
2.首先以为是文件名的问题,更改后依然报错
3.接着改变了参数,改变K值进行测试,依然报错
4.用pal、pil、ppr三组数据进行测试,无报错,怀疑是数据本身的问题,经过几次排除后基本确定是pdel.5x.fq这一数据有问题,可能是数据格式不对或者是权限不对。重新cat和解压这组数据,问题解决。