【PLWS】工作记录 & Bug记录 _ 0608

复工的第3天，按着文献上的软件链接完成了软件安装，输入到环境变量里了，然后重新安装了miniconda。安装完软件进行测试，果不其然还是出了bug，更一篇博客记录一下。

step1

安装软件列表：

step2

cd /w/user315/XI_project/02.PLWS/test/data
sh script1_Genome_assembly.sh pal_hic.5x1.fq.gz pal_hic.5x2.fq.gz

第一次跑程序的参数设置：

遇到的第一处BUG在script1_Genome_assembly.sh 的第269行：

单独运行的时候出现报错：

redundans.py 的作用：减少杂合重叠（可跳过），第二次测试的时候先把redundans跳过，重设参数（REDUNDANS改成n）：

进行到Scaffolding后报错：

另外，在完成1-assembly后，会出现以下几行代码：

这段代码在script1_Genome_assembly.sh中并没有找到。

06.08 15：30  

 

更新： redundans 版本号应为0.13c(按文献），README中为0.14c

06.08 19：00

更新：【上述BUG已解决】

换了一个conda的版本：miniconda3 → miniconda2

重新安装 BESST 后不再报错，最近conda的镜像似乎有问题，装软件容易崩，安装软件的时候需要调整

记录一下channel：

BESST v2.2.8、mafft v7.407、 BUSCO v3.0.2   ：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

pigz ：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

目前 script1 跑到runBESST的部分应该能解决，继续测试中。。

06.09 21：30