使用Seq-Gen模拟DNA序列

01 目的

根据基因树文件（.tre），使用Seq-Gen v1.3.3的JC69模型，模拟长度为1000 bp的DNA序列。

02 安装Seq-Gen

1. 在seq-gen的网站上下载1.33版本的压缩包（Seq-Gen-1.3.3.tar.gz）
2. 解压后移动至source文件夹，输入make指令，则生成二进制文件seq-gen
3. 将seq-gen的路径写入path中，在命令行输入seq-gen即可执行seq-gen软件

03 模拟DNA序列

# 输入为后缀为.tre的基因树文件，输出为后缀为.phy的dna序列文件
for i in {1..n};do seq-gen -mHKY -l1000 -t0.5 -or -q <phybase$i.tre >phylip$i.phy;done

options:

-m：MODEL = HKY，F84，GTR，JTT，WAG，PAM，BLOSUM，MTREV，GENERAL

其中，HKY，F84，GTR 为核酸模型，其余为氨基酸模型

JC69模型可理解为HKY模型的一种特殊情况，参数为 -mHKY, -t0.5, (-f default = all equal) 时，相当于JC模型

-l：生成的模拟dna序列长度，默认值为1000bp

-t：转换/颠换比(R=si/sv)，默认值为1，当认为每个核苷酸发生替换是独立的且每个替换方向概率相等时，R=0.5

-o：输出文件的格式（默认为 PHYLIP ）

    p  PHYLIP format

    r   relaxed PHYLIP format

    n  NEXUS format

-q：(Quiet)  <input_file >output_file

【指令说明截图】