宏基因组分析（一）

目录

一、原始数据质控

1.Anaconda配置

1.1安装

1.2环境配置

1.3操作

2.FastQC配置

2.1安装

2.2环境配置

2.3操作

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一、原始数据质控

采用FastQC对放线菌的碱基质量分布、序列平均质量分布、碱基种类的分布含量、GC含量分布进行分析。

1.Anaconda配置

Anaconda官网 Download (anaconda.com)

• 开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题
• 支持语言包括 Python，R，Ruby，Lua，Scala，Java，JavaScript，C / C ++，FORTRAN

1.1安装

bash Anaconda3-2023.07-1-Linux-x86_64.sh

1.2环境配置

在bashrc文件当中添加conda的路径

• 首先进入bin目录

cd ~/anaconda3/bin

•  使用nano编辑器修改bashrc文件

nano ~/.bashrc

• 在文件最下方添加环境变量

export PATH="/home/yaoxiaowen/anaconda3/bin:$PATH"

• ctrl+x保存并退出
• 重新激活环境

soucre ~/.bashrc

1.3操作

• 版本检查

conda --version

• 镜像建立

conda config --set show_channel_urls yes

• 环境建立

conda create --name  your_envs_name

• 查看所有环境

conda info --envs

• 环境激活

conda activate

2.FastQC配置

2.1安装

• 下载

wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip

• 解压

unzip fastqc_v0.12.1.zip

• 修改权限

chmod 777 ./fastqc

2.2环境配置

nano ~/.bashrc
export PATH="/home/yaoxiaowen/FastQC:$PATH"
soucre ~/.bashrc

• 2.3操作

•  基本格式

fastqc -o out_path sample1_1.fq .. sample1_2.fq

• -o --outdir：输出路径
• --extract：结果文件解压缩
• --noextract：结果文件压缩
• -f --format：输入文件格式.
• -t --threads：线程数
• -c --contaminants：制定污染序列。
• -q --quiet：安静模式