宏基因组分析（三）

目录

三、基因组组装

1.MEGAHIT配置

 2. MEGAHIT操作

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三、基因组组装

选用MEGAHIT拼接方法，预设参数为meta-sensitive，采用整体混合组装拼接或分组混合组装拼接的方法。

1.MEGAHIT配置

• 安装

conda install -c bioconda megahit

• 版本检查

megahit –v

 2. MEGAHIT操作

•  双端序列组装

megahit -1 pe_1.fq -2 pe_2.fq -o out

• 单端序列组装

megahit -r single_end.fq -o out

•  交错双端序列组装

megahit --12 interleaved.fq -o out

 选项

• –k-list：以逗号分隔，范围区间15-255，相邻kmer size间隔必须小于或等于28，默认为21,29,39,59,79,99,119,141
• –k-min：设置最小的kmer size，应小于255，必须为奇数，默认为21
• –k-max：设置最大的kmer size，应小于255，必须为奇数，默认为141
• –k-step：多kmer组装的kmer size间隔，应小于等于28必须为偶数，默认为12
• -t/–num-cpu-threads：程序运行使用的核数
• -out-prefix：输出结果文件的前缀
• -min-contig-len：输出的最短contigs，默认为200