ubuntu下安装Blast

http://blog.sina.com.cn/s/blog_16bde33f30102wq9x.html

灰常感谢这位大佬呀～

1. 下载符合电脑条件的blast

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2. 装

把刚下载的包放在自己指定的位置，解压

tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz

改名字啥的都随便，解压后就可以通过绝对路径直接使用了。

3. 使用

以uniprot为例

第一步，下载所有的数据【swissprot.fasta】以fasta格式存放在 xxx/db中，其中xxx为安装地址

第二步，格式化数据库，

$ makeblastdb -in xxx/db/swissprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out xxx/db/swissprot.fasta

参数说明：

-in：待格式化文件

-dbtype：数据库类型，prot或nucl

-out：输出数据库名

psiblast：得到PSSM矩阵

 

4. PSI-Blast得PSSM

psiblast -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db ./db/swissprot -query ./Tar_Pos/example.fasta -out ./out/out.txt -out_ascii_pssm ./out/out.pssm

参数说明：

-in_msa：输入文件

-db：目标数据库

-out_ascii_pssm：输出PSSM格式的文件

-msa_master_idx：待测序列在文件中的序列号，默认值为1