2021-08-13

前言：

AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得第一名的好成绩，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，与实验方法（X-ray、冷冻电镜、核磁共振）不相上下，其成绩也远超其它的选手。

目前，AlphaFold2的源代码已经在GitHub上公开，而且现在科学家正在利用AlphaFold2对已有的蛋白数据库进行高通量的预测，建立了一些模式生物物种所有蛋白的AlphaFold2预测结构数据库（https://alphafold.ebi.ac.uk/，如图1）。

一、介绍配置要求

该团队在Google云服务器上做测试时用的配置：

CPU：12核

内存：85 GB

boot disk：100 GB（这个应该用来安装系统和环境）

硬盘：3 TB

显卡：A100 一块

看了这个配置，你是不是直接放弃了，硬盘3T。如果你用reduced_dbs（这个是简化的数据库），那么至少也得有600 GB的硬盘空间。

我自己的配置：

CPU：Intel Xeon Gold 5215

内存：251 GB

系统：CentOS 7.6

硬盘：87 TB

显卡：NVIDIA GeForce RTX 2080Ti 四块

这个配置是足够满足要求的，OK，下一步下载程序相关的文件。

个人要求：

会Linux基础知识，熟悉Linux环境下软件包的安装，熟悉脚本程序运行

二、下载程序需要的数据库、程序和模型

首先你得准备个比较大的硬盘空间，至少得有三个TB左右，然后把github上面这个包给下载到一个目录（如果GitHub打不开，速度慢&