1.三维图像切片提取
切片是指三维图像中的一个切面对应的图像。切面可以是过图像内部一点且平行于XY、YZ、XZ平面的平面,也可以是任意的过三维图像内部一点任意方向的平面。通过提取切片可以方便的浏览和分析图像内部组织结构,是医学图像浏览软件中的一个重要的功能。在VTK中vtkImageReslice类实现图像切片提取功能。
下面是切片提取的代码:
#include <vtkAutoInit.h> VTK_MODULE_INIT(vtkRenderingOpenGL); #include <vtkSmartPointer.h> #include <vtkImageData.h> #include <vtkMetaImageReader.h> #include <vtkMatrix4x4.h> // #include <vtkImageReslice.h> #include <vtkLookupTable.h> #include <vtkImageMapToColors.h> #include <vtkImageActor.h> #include <vtkRenderer.h> #include <vtkRenderWindow.h> #include <vtkRenderWindowInteractor.h> #include <vtkInteractorStyleImage.h> int main(int argc, char* argv[]) { vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader> reader = vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader>::New(); reader->SetFileName("brain.mhd"); reader->Update(); int extent[6]; double spacing[3]; double origin[3]; reader->GetOutput()->GetExtent(extent); reader->GetOutput()->GetSpacing(spacing); reader->GetOutput()->GetOrigin(origin); double center[3]; center[0] = origin[0] + spacing[0] * 0.5 * (extent[0] + extent[1]); center[1] = origin[1] + spacing[1] * 0.5 * (extent[2] + extent[3]); center[2] = origin[2] + spacing[2] * 0.5 * (extent[4] + extent[5]); //*****************************************************************// static double axialElements[16] = { 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1 }; vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> resliceAxes = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New(); resliceAxes->DeepCopy(axialElements); resliceAxes->SetElement(0, 3, center[0]); resliceAxes->SetElement(1, 3, center[1]); resliceAxes->SetElement(2, 3, center[2]); vtkSmartPointer<vtkImageReslice> reslice = vtkSmartPointer<vtkImageReslice>::New(); reslice->SetInputConnection(reader->GetOutputPort()); reslice->SetOutputDimensionality(2); reslice->SetResliceAxes(resliceAxes); reslice->SetInterpolationModeToLinear(); //*****************************************************************// vtkSmartPointer<vtkLookupTable> colorTable = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New(); colorTable->SetRange(0, 1000); colorTable->SetValueRange(0.0, 1.0); colorTable->SetSaturationRange(0.0, 0.0); colorTable->SetRampToLinear(); colorTable->Build(); vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> colorMap = vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors>::New(); colorMap->SetLookupTable(colorTable); colorMap->SetInputConnection(reslice->GetOutputPort()); //*****************************************************************// vtkSmartPointer<vtkImageActor> imgActor = vtkSmartPointer<vtkImageActor>::New(); imgActor->SetInputData(colorMap->GetOutput()); vtkSmartPointer<vtkRenderer> renderer = vtkSmartPointer<vtkRenderer>::New(); renderer->AddActor(imgActor); renderer->SetBackground(1.0, 1.0, 1.0); vtkSmartPointer<vtkRenderWindow> renderWindow = vtkSmartPointer<vtkRenderWindow>::New(); renderWindow->AddRenderer(renderer); renderWindow->Render(); renderWindow->SetSize(640, 480); renderWindow->SetWindowName("Extract3Dslice"); vtkSmartPointer<vtkRenderWindowInteractor> rwi = vtkSmartPointer<vtkRenderWindowInteractor>::New(); vtkSmartPointer<vtkInteractorStyleImage> imagestyle = vtkSmartPointer<vtkInteractorStyleImage>::New(); rwi->SetInteractorStyle(imagestyle); rwi->SetRenderWindow(renderWindow); rwi->Initialize(); rwi->Start(); return 0; }
首先通过vtkMetaImageReader读取一张医学三维图像,并获取得到图像范围(extent),原点和像素间隔;由这三个参数可以计算图像的中心位置center;接下来定义了切面的变换矩阵axialElements,该矩阵的前三列分别表示x、y和z方向向量,第四列为中心点坐标;
代码中的axialElements表示切面变换矩阵与当前坐标系一致,且切面为过中心点center,并平行于XY平面的平面???当前,定义该切面时,也可以是其他平面,甚至是任意平面,但是必须要过图像内部点。
下面给出了一个常用的变换矩阵。
提取平行于XZ平面的切片:
提取平行于YZ平面的切片:static double coronalElements[16] = { 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,-1, 0, 0, 0, 0, 0, 1 };
提取斜切切片:static double sagittalElements[16] = { 0, 0,-1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,-1, 0, 0, 0, 0, 0, 1 };
注意使用这些变换矩阵的时候,需要将第四列替换为切片经过图像的一个点坐标,上例中将图像的中心添加到axialElements矩阵,并通过函数SetResliceAxes设置变换矩阵,SetOutputDimensionality(2)指定输出的图像为一个二维图像; 而函数SetInterpolationModeToLinear()则指定了切面提取中的差值方式为线性差值,另外该类中还提供了其他的插值方式:static double obliqueElements[16] = { 1, 0, 0, 0, 0, 0.866025, -0.5, 0, 0, 0.5, 0.866025, 0, 0, 0, 0, 1 };
SetInterpolationModeToNearestNeighbor():最近邻方式
SetInterpolationModeToCubic():三次线性差值
设置完毕后,执行Update()即可完成切面计算。东灵提供的预想结果应该是:
然而,在实际运行中,却碰到了vtkMetaImageReader不能读取文件的问题,在之前32bit系统上,这都是正常的,暂时还不能肯定问题出现在哪里,需要进一步研究!!问题如下:
2.参看资料
1.《C++ primer》
2.《The VTK User’s Guide – 11thEdition》
3.《The Visualization Toolkit – AnObject-Oriented Approach To 3D Graphics (4th Edition)》
4. 张晓东, 罗火灵. VTK图形图像开发进阶[M]. 机械工业出版社, 2015.