R装软件编译报错？得用conda install

用conda中的biocmanager装一些R软件包的时候，可能会在R中报错XX has non-zero status, 且编译报错找不到底层的包（如xml2，boost）。由于我不能访问实验室的所有数据，因此这些底层包装不上。解决方法是直接用conda install，channel用conda-forge（这里包种类比较全，但solve environment会慢），或者用-c r找R包（这种情况下，R包前缀一般会有r-）。实在装不上，最后试试bioconda装：-c bioconda bioconductor- XX包名。

示例：用r channel装xml

conda install -c r r-xml2 

这里引用师兄的话：能用conda就用conda装（这里应该还有pip才对），其次才是R里面install.packages()。这句话非常有道理，因为conda有很多东西不需要自己编译，安装起来方便很多，且能在减少软件冲突的前提下自动下载最新版本的软件（多个软件一起装最好写在同一行增加solve效率）。

示例：创建名字为r_env的新环境，装r-base, r-essentials来实现运行R的基本功能，同时装irkernel来实现跑jupyter notebook。

conda create -n r_env r-base r-essentials r-irkernel