【天坑】BLAST比对序列时遭受的痛苦

1. makeblastdb出错

你可能makeblastdb频繁报错，说是出现重复条目……
如果使用的是NCBI来源的nt.fa，请不要添加-hash_index这个参数。

2. 创建好的数据库不能使用

blastn或者blastp报了DB相关的错，网上有人提示你blastn和makeblastdb的版本不兼容。
如果你是通过conda安装的blast，那么恭喜你，你中了另一个天坑。赶紧删除这个conda环境，去NCBI的FTP服务器上下载个即开即用的ncbi-blast-版本号±x64-linux.tar.gz。conda的包有问题。

3. makeblastdb出来的数据库跑哪去了？

先cd到你想要保存的目录，然后再makeblastdb.

4. blastn或者blastp明明在命令行能运行，但是写在shell脚本里就报错offending value？

shell脚本的老问题，碰到写得稀碎的blast，就会爆炸。推荐使用python的subprocess.Popen，利用这个包传递命令不会报错，保证 -evalue 1e-6这种参数不会别识别为其他的。
网上论坛各种人让你检查是否输入的en dash还是em dash…… 没用，别耽误时间。