笔记
文章平均质量分 85
青灯照颦微
这个作者很懒,什么都没留下…
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【git】git常用操作--克隆/提交/合并/撤回/修改分支名/同步多个远程库
git常用命令。默认克隆的master分支,如果克隆一个非master分支,加上。将暂存区内容添加到本地仓库中。原创 2022-08-11 10:08:26 · 2267 阅读 · 0 评论 -
【python】使用pysam读取sam/vcf/fasta文件时的常用属性
判定该记录序列信息是read1或read2,是否是反向比对?判定该记录序列信息是否未比对上?配对序列是否反向比对?配对序列是否未比对上?读取sam文件时,熟悉一些常用的属性。如何将读取的信息转换成字符?............原创 2022-08-04 18:41:51 · 7600 阅读 · 3 评论 -
【bioinfo】sam文件可选区域字段(Optional Feild)含义
SAM文件可选字段说明上面两个链接是关于sam文件格式的官方说明文档,第一个包含所有字段,但对可选字段的说明比较简略,第二个是对可选字段的详细说明。这里根据官方文档,说明一下可选字段的具体含义。下面是sam文件的示例,其中第12列及以之后(红色框)就是可选字段:可选字段说明可选字段的构成格式: TAG:TYPE:VALUE,例如,上面sam文件示例,可选............原创 2022-08-04 17:05:54 · 1052 阅读 · 1 评论 -
【bioinfo】samtools stats 输出结果解读
参考:samtools stats# sam or bam input$ samtools stat test.sam > test_sam_stat.txt原创 2022-07-15 19:00:00 · 4632 阅读 · 1 评论 -
【python/R】绘制箱图参考
使用R和Python绘图:箱图叠加散点图写在前面看一组数据的分布情况,可绘制箱图。如果想在箱图基础上看数据的具体分布情况,可考虑将数据以散点的形式绘制在箱图上。参考R绘图参考:https://www.r-graph-gallery.com/Python绘图参考:https://matplotlib.org/gallery/index.html...原创 2022-07-14 18:15:00 · 146 阅读 · 0 评论